Galaxy v-21.01 发布，新的流程和历史栏体验

Galaxy Project（https://galaxyproject.org/）是在云计算背景下诞生的一个生物信息学可视化分析开源项目。

该项目由美国国家科学基金会（NSF）、美国国家人类基因组研究所（NHGRI）、哈克生命科学研究所（The Huck Institutes of the Life Sciences）、宾州州立大学网络科学研究所（The Institute for CyberScience at Penn State），以及约翰霍普金斯大学（Johns Hopkins University）提供支持，是目前生物医学研究领域最受欢迎的在线生物信息分析工具之一。

2021年3月左右，Galaxy Project 正式发布了 Release-21.01 的版本；3月17日，发布该版本的 announcement 文档。这里总结一下该版本一些主要的更新内容，为关注和从事 Galaxy 相关工作的中文用户提供参考。

1. 重点更新

工作流（Workflows）是 Galaxy v21.01 版本中的绝对明星，它们已经有了巨大的改进。

1.1 工作流: 最佳实践，报告，调用

在这个版本中我们可以看到工作流程已经有了巨大的改进！工作流报告编辑器比以往任何时候都更容易使用，它为您提供了一个常用报告组件的列表、将它们嵌入到报告中的交互式接口，以及一个新的工作流调用跟踪器。现在，您可以将可视化直接嵌入到您的工作流报告中，从而使得您在总结您的分析时比以往任何时候都更容易。而且，一旦您的报告生成，您可以直接将它们导出到页面，以便与同事分享您的报告。

如果您正在利用 Galaxy 强大的子工作流构建高级工作流来实现可重用的工作流组件，那么您将很高兴地知道，您现在可以自动将这些工作流更新为最新版本。

此外，当您将工作流程与他人分享时，一个新的“最佳实践”检查器已经包含在内，它可以帮助您发现简单的事情，使您的工作流程更具有可共享性。

1.2 远程文件

从21.01开始，顶级功能的突出显示一直存在激烈的竞争，但是远程文件界面绝对是一种非常棒的浏览数据的新方式。在 Galaxy 内部，有一种新的、抽象的方式来引用本地和其他服务器上的文件。这让我们提供一个统一的接口到 FTP 服务器，如您的 Dropbox，公共 S3 存储桶，等等！你可以在上传界面的选择远程文件下找到这个。

Galaxy Climate 社区正在提供一个很好的测试案例；他们的大部分数据都公开发布在公共的 S3 存储桶上，这些数据不容易获得，现在他们可以直接从 Galaxy 系统获得。不再需要在文档中再次执行"import this url"这个神奇的步骤，现在 "只需要浏览存储库中的数据"。

但是远程文件浏览器的增加并没有止步于此！其他几个接口接收到了使用这个新框架的更新：

历史导入导出

历史记录现在可以直接导出到你的 FTP 文件夹，Dropbox，或任何其他配置的远程文件存储。

历史导入也进行了同样的处理，允许从任何这些公共数据位置导入，使它比以往任何时候都更容易在 Galaxy 系之间共享历史，并使您的分析更复制！

更多截图和更多功能请参见 Pull Request 11054。

规则生成器

同样，Rule-Builder 现在可以访问远程文件接口。在许多 FTP 服务器和其他位置都可以轻松地找到带有标识符的示例表，然后通过这个新接口直接加载到 Rule Builder 中。太简单了！

1.3 测试版历史面板

历史记录面板在最新代码中得到了更新和巨大的性能提升。这听起来让你兴奋吗？现在你就可以通过点击历史菜单选项的"Use Beta History Panel"。这不是它的最终状态，但是我们希望得到用户的反馈，告我们你是如何找到它的。这个新的历史面板它具有性能和可用性改进的特点。例如，现在你不需要单独的菜单就可以重命名文件，只需双击数据集标题即可！

1.4 方便使用的改进

这是一个新的部分，涵盖较小的改进，只是使您的工作更容易，加速您与 Galaxy 的互动。

• 交互式工具可以停止，而且它们的输出不会消失，具有更好的重复性！Pull Request 10497
• 上传文件时，"name" 字段将自动聚焦，允许您直接重命名文件，节省您的时间。Pull Request 10487
• 工作流版本现在可以公开它们的更新时间。还原到一个旧版本？哦，是的，还原到那个星期二的版本！Pull Request 10492
• 共享组件现在已经把 url 的“复制到剪贴板”功能包括在内。点击一下，你就准备好与世界分享了。Pull Request 10754
• Galaxy 中的 GTN 覆盖层页面现在可以跟踪您正在查看的页面，如果 Galaxy 页面得到刷新。去学习吧，不要分心！Pull Request 11290

2. 新的可视化

NORA，一个医学图像查看器和注释工具(感谢 @bgruening,Pull Request 1103)

用于深度变焦图像的 OpenSeadragon 查看器(感谢 @gregvonkuster,Pull Request 10756)

3. 新数据类型

• Gfa2 的初始提交(感谢 @bernt-matthias). Pull Request 10270
• 添加 ome.tiff 数据类型(感谢 @qiagu). Pull Request 10349
• 添加对 dzi (Deep Zoom Image)数据格式的支持(感谢 @gregvonkuster). Pull Request 10546
• 为各种 MD 文件类型添加数据类型转换器(感谢 @simonbray). Pull Request 10757
• 添加 nifti1 和 nifti2 数据类型(感谢 @bgruening). Pull Request 11020
• 添加 tck 和 trk 数据类型(感谢 @bgruening). Pull Request 11021
• 添加 gifti fileformat (感谢 @bgruening). Pull Request 11028
• 添加基础的 Apache Parquet 数据类型。Pull Request 11047
• 添加最小的 msf 数据类型(感谢 @nsoranzo). Pull Request 11084
• 添加 ffindex 和 ffdata 数据库文件类型。Pull Request 11218
• 修正了以许多注释开始的文件的 interval 数据类型的嗅探器(感谢 @nsoranzo). Pull Request 11416
• 增加了 cmap 数据类型(感谢 @jaidevjoshi83). Pull Request 11471
• 添加压缩的 paf 数据类型(感谢 @astrovsky01). Pull Request 11567

4. 内置工具更新

• 允许应用规则工具将标签附加到输出数据集。Pull Request 10382
• 允许 build_list 输入为可选的。Pull Request 10871
• 更新 askomics IT 到 4.1.1(感谢 @abretaud). Pull Request 10878
• 允许空文件上传(感谢 @bernt-matthias). Pull Request 11079
• 在 hash 工具中强制进行 hash 选择。Pull Request 11427
• 各种 pyiron 交互式工具修复。(感谢 @bgruening). Pull Request 11545
• 更新 cellxgene IT 容器。(感谢 @bgruening). Pull Request 11546
• 允许在没有数据输入的情况下使用 Openrefine (感谢 @bgruening). Pull Request 11547
• 修复一些 gxit 需要的一个特定的 $HOME (感谢 @abretaud). Pull Request 11577

5. 参考资料

[1]

完整的发行说明：January 2021 Galaxy Release (v 21.01)

[2]

21.01 announce user：January 2021 Galaxy Release (v 21.01)