生信入门必须掌握的 30 个 Linux 命令

cd /   #进入根目录
cd -   #返回上次的目录
cd     #返回home目录
cd ~   #返回home目录
cd ../ # 返回上一级目录

-a  列出包括.a开头的隐藏文件的所有文件
-A  通-a，但不列出"."和".."
-l  列出文件的详细信息
-c  根据ctime排序显示
-t  根据文件修改时间排序
---color[=WHEN] 用色彩辨别文件类型 WHEN 可以是'never'、'always'或'auto'其中之一

$ pwd
/home/wangtong

$ sh a1.index.sh;
sh a2.fasqc.sh

cp a1.index.sh a2.index.sh

mv a1.index.sh ../

rm -rf *.fna  #删除目录下所有以 .fna 结尾的文件

ln -s /ifs1/Example ./ #为 /ifs1/Example 目录在当前目录下创建一个快捷方式

mkdir rnaseq #创建一个名为 rnaseq 的目录

$ cat a1.index.sh 
bwa index -p Homo_sapiens_assembly38 -a bwtsw Homo_sapiens_assembly38.fasta

cat a1.txt a2.txt >all.txt

$ less -S nt.tar.gz

#取文件第 21~40 行
$ head -40 a.txt | tail -n 

$ gzip a.txt
$ gunzip a.txt.gz

$ tar -jcvf filename.tar.bz2 A B C # 打包压缩为 bz2 结尾文件
$ tar -jxvf filename.tar.bz2       # 解压缩 .tar.bz2 结尾文件

$ tar -zcvf filename.tar.gz A B C  # 打包压缩为 gz 结尾文件
$ tar -zxvf filename.tar.gz        # 解压缩 .tar.gz 结尾文件

#案例一：统计fasta文件中序列的条数；
grep -c ">"  gene.ffn
#案例二：输出满足条件的序列；
grep -A  "3 gi 29732 34486" lastz.axt
#案例三：筛选出不满足条件的内容；
ps -fx | grep -v "S"

#案例一：输出固定的行
sed -n '1307p'  seq.fna   #输出文件第1307行；
sed -n '100,200' seq.fna  #输出文件第100到200行；

#案例二：替换操作
sed -e 's/gi/GI/' seq.fna  #将文件中gi全部替换为大写GI；
sed -i 's/gi/GI/g' seq.fna   #在原文件上进行替换，并且进行全部替换；
sed -i.bak 's#GI#gi#' seq.fna  #在原文件上进行替换，并进行备份；
sed -e 's/gi/GI/2；s/ref/REF/2' seq.fna   #只将第二次出现的gi和ref进行替换；
sed -f sed.list cds.list    #根据文件中的模式进行替换，可同时进行多条件替换；
sed -n 's/gi/GI/p' seq.fna  #打印发生替换的行；

#案例三：删除空白行；
sed -e '/^\s*$/d'  seq.fna  #删除文件中的空白行；

#案例四：行寻址
sed -n '/ref/p' seq.fna   #输出文件中包含ref关键字的行；
sed  '100,2000s/GI/gi/g' seq.fa  #则只替换100行到2000行的内容；
sed  '100,2000！s/GI/gi/g' seq.fa  #加感叹号取反，在这个范围之外的执行操作；

#案例五：删除操作
sed -e '/>/d' seq.fna #删除包含ref的行；
sed -e 's/:.*//g' seq.fna   #删除冒号之后的所有内容；

#案例六：对应替换，类似于tr的功能
sed -e 'y/ATCG/atcg/' seq.fna  #修改大小写
sed -e '/>/!y/ATCG/atcg/' seq.fna  #DNA序列反向互补配对，并修改大小写

#案例1：输出一个列表任意行；
awk '{print $1}' blast_m8.out  #输出blast m8 格式结果的第一行；
awk -F ":" '{print $1,$NF}' passwd.list   #通过-F修改默认分隔符为冒号，输出第一行与最后一行；

#案例2：格式转换
awk '{print"@" $1"\n"$10"\n""+\n"$11""}' all.sam  #将短序列比对上的reads输出出来，生成fastq文件；

#案例3：过滤blast结果
awk ’{if ($3>= && $4>=) print $0}'  blast_m8.out  #过滤blast比对结果，将identity 大于80，并且比对长度大于100bp的结果输出；

#案例4：比较
awk '$8>$1' input.txt #输出第8列大于第10列的行。

#案例5：匹配输出
awk '$0~ /wang/{print $0}' passwd.list   #利用正则表达式，将秘密表中姓wang的账户都输出出来；

#案例6：格式化输出
awk 'BEGIN{print "The Program Begin\n"}{if ($3>= && $4>=) print $0}END{print " The Program End\n"}' input.txt  #利用BEGIN和END关键字生成报告；

#案例7：修改字段和记录分隔符
awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $2,$4,$5}' input.txt   #在BEGIN中设定字段分隔符和记录分隔符；

#案例8：awk编程计算
awk '{x+=$3}END{print x/NR}' input.txt   #计算第三列的平均值，最后在END将其输出出来。

#案例9：awk编程比较大小
awk   'BEGIN { max= ;print "max=" max} {max=($1 >max ?$1:max); print $1,"Now max is "max}' input.txt  #取得文件最后一个域的最大值。 

#案例10：awk编程求和
awk '{print $0,$3+$4}' input.txt  #计算第3列和第4列的和。

#案例11：输出固定行内容
awk 'NR>=&&NR<=' input.txt  #输出第20到第80行内容。

#案例12：合并文件
awk 'BEGIN{while((getline<"file1")>)l[$1]=$0}$1 in l{print $0"\t"l[$1]}' file2  #将两个文件按列合并起来，类似jion命令的功能。

#案例13：去重复
awk '!($0 in a) {a[$0];print}' input.txt  # 打印不重复的行，类似uniq的功能;
awk '!($2 in l){print;l[$2]=}' input.txt #计算第二列内容非冗余的次数，类似于uniq的功能;

#案例14：统计字符
awk '{for(i=;i!=NF;++i)c[$i]++}END{for (x in c) print x,c[x]}' input.txt 计算每个字符出现的次数，类似wc的功能。

#案例15：替换
awk '{sub(/test/, "no", $0);print}' input.txt 进行替换，类似sed的功能，

#案例16：fastq转换为fasta
awk '{getline seq;getline plus;getline qual;sub("@",">",$0);print $0 "\n"seq}'  test.fastq；

$ df -h 
Filesystem               Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/mapper/centos-root  5.5T  742G  4.7T  14% /
devtmpfs                 G       G   % /dev

$ du -sh wgs/
G    wgs/

#案例一：搜索Data目录下以点fna结尾的文件；
find  ../Data -name *.fna

#案例二：搜索系统中最近5分钟内编辑过的文件；
find / -amin 5

#案例三：查找大于100M的文件；
find ./ -size 100M

案例四：按照文件类型搜索；
find  ./ -type 文件类型
c 的档案
d: 目录 
b: 区块装置档案 ，
p: 具名贮列
f: 一般档案
l: 符号连结
s: socket

#案例五：搜索文件，直接处理；
find ./temp/ -name *.fna -exec rm '{}' \;

$ top
top - 21:57:57 up 64 days, 14:32,  4 users,  load average: 1.03, 1.03, 1.05
Tasks:  total,    running,  sleeping,    stopped,    zombie
%Cpu(s):  3.2 us,  0.1 sy,  0.0 ni, 96.7 id,  0.0 wa,  0.0 hi,  0.0 si,  0.0 st
KiB Mem : +total,  free,  used, +buff/cache
KiB Swap:  total,  free,   used. +avail Mem 

   PID USER      PR  NI    VIRT    RES    SHR S  %CPU %MEM     TIME+ COMMAND                                                  
 wangtong         5.7g     R  99.7  2.3   : dnaml                                                    
 root                  R   0.7  0.0   :00.05 top                                                      
     root      rt                       S   0.3  0.0   :20.10 watchdog/                                               
    root                S   0.3  0.0  :10.61 systemd-journal  

$ ps -aux

$ kill -9 12000

#原始权限
$ ll a1.index.sh 
-rwxr-xr-x.  root root  Oct  : a1.index.sh
#421模式修改
$ chmod  a1.index.sh 
$ ll a1.index.sh 
-rw-r--r--.  root root  Oct  : a1.index.sh
#ugo模式修改
$ chmod ug+x a1.index.sh 
$ ll a1.index.sh 
-rwxr-xr--.  root root  Oct  : a1.index.sh

$ passwd
Changing password for user wangtong.
Changing password for wangtong.
(current) UNIX password: 
New password: 
Retype new password: