可检出ROH的CNV-seq Pro

受检者信息

女，27岁，肥胖，重度智力障碍，身材矮小，性腺发育不全

检测方法

分别使用低深度全基因组测序(Low-pass WGS, CNV-seq)、染色体微阵列芯片(CytoScan 750K，SNP Array )、中深度全基因组测序(3X WGS，CNV-seq Pro)对受检者进行染色体变异分析

检测结果

低深度全基因组测序

(Low-pass WGS, CNV-seq)结果：

未检出染色体非整倍体、100Kb以上的基因组拷贝数变异

染色体微阵列芯片

(CytoScan 750K，SNP Array)结果：

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中深度全基因组测序

(3X WGS，CNV-seq Pro)结果：

结果分析

虽然低深度CNV-seq未检测到异常，但是SNP Array和CNV-seq Pro都检出15号染色体部分ROH，涉及PWS/Angelman综合征区域，和主诉相符。目前市面上常见的CNV-seq产品测序深度大都分布在0.05X到1X，无法判断绝大多数SNP位点的杂合性或者等位基因频率，因此低深度的CNV-seq并不能有效检出ROH。这与已发表的《低深度全基因组测序技术在产前诊断中的应用专家共识》中CNV-seq无法对包括单亲二体（UPD）在内的杂合性缺失进行检测的局限性一致。[1]

这里再简单介绍下几个概念，ROH / LOH / UPD / IBD， 具体概念介绍可以看我们的另外一篇文章 （ROH大揭秘）。我们可以这样简单理解：

• ROH，长纯合区域，名词
• LOH，杂合性缺失，形容词，表明该区域的状态是LOH
• UPD，单亲二体，指原因，导致ROH的原因可能为UPD
• IBD，血缘同源，指原因，导致ROH的原因可能为IBD，近亲结婚。

UPD疾病在产前发育异常、儿童智力低下、发育迟缓等很多疾病中，都是非常重要的一个原因。UPD的人群携带率约为1/2000。[2]

中深度全基因组测序（3X WGS，CNV-seq Pro）中平均每个碱基被3条reads覆盖，虽然进行变异检测(Variant Calling)的结果具有波动性，但是通过选取人群高频位点，使用滑窗的方法对位点的VAF(Variant Allele Frequency)进行平滑处理，可以可靠地检测ROH。同时CNV-seq Pro可以提高CNV检测的精度和分辨率，提示病原微生物感染等。

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博圣医学有着丰富的CNV-seq和CMA检测经验，累计完成30万余例，拥有行业领先的本地变异库等数据库。

最新开发的CNV-seq Pro也将于近期上线！

敬请期待

参考文献：

[1]中华医学会医学遗传学分会临床遗传学组.低深度全基因组测序技术在产前诊断中的应用专家共识[J].中华医学遗传学杂志,2019,36(4):293-296.

[2]Daniela Del Gaudio , Marwan Shinawi，et al .Diagnostic testing for uniparental disomy: a points to consider statement from the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG)[J].Genet Med，2020,22(7):1133-1141.

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