Linux中的HugePage对数据库服务来说为什么如此重要：以PG为例

yzsDBA

发布于 2021-10-19 11:25:42

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发布于 2021-10-19 11:25:42

文章被收录于专栏：PostgreSQL研究与原理解析PostgreSQL研究与原理解析

Linux中的HugePage对数据库服务来说为什么如此重要：以PG为例

用户经常因为OOM killer造成数据库崩溃问题来找我们寻求帮助。Out Of Memory killer会杀死PG进程，并且是我们遇到的数据库崩溃问题中首要原因。主机内存不足的原因可能有多种，最常见的有：

1) 主机上内存调整不佳

2) work_mem值全局指定过高（实例级别）。用户经常低估这种设置带来的影响

3) 连接数过高。用户忽略了一个事实，即使非活动连接也可以保留大量内存分配

4) 在同一台机器上共同托管的其他程序的资源消耗。

尽管我们曾协助调优主机和数据库，但很少花时间解释HugePage的重要性，并用数据证明它的合理性。多亏了我的朋友及同事Fernando进行反复实验，这次我忍不住这么做了。

问题

让我用一个可测试和可重复的案例解释这个问题。如果有人想以自己的方式测试案例，这可能会有所帮助。

测试环境

测试机配40个CPU内核（80个vCPU）和192GB内存。我不想用太多连接使这个服务器过载，所以只使用了80个连接进行测试。透明HugePage(THP)已禁用，此处不过多解释为什么将THP用于数据库服务器不是一个好主意。

为持有相对持久的连接，使用pgBouncer进行80个连接。以下是其配置：

[databases]
sbtest2 = host=localhost port=5432 dbname=sbtest2
[pgbouncer]
listen_port = 6432
listen_addr = *
auth_type = md5
auth_file = /etc/pgbouncer/userlist.txt
logfile = /tmp/pgbouncer.log
pidfile = /tmp/pgbouncer.pid
admin_users = postgres
default_pool_size=100
min_pool_size=80
server_lifetime=432000

正如我们看到的，server_lifetime参数指定一个较高的值，从而不破坏池化器到PG的连接。下面是PG的参数：

logging_collector = 'on'
max_connections = '1000'
work_mem = '32MB'
checkpoint_timeout = '30min'
checkpoint_completion_target = '0.92'
shared_buffers = '138GB'
shared_preload_libraries = 'pg_stat_statements'

使用sysbench进行测试负载：

sysbench /usr/share/sysbench/oltp_point_select.lua --db-driver=pgsql --pgsql-host=localhost --pgsql-port=6432 --pgsql-db=sbtest2 --pgsql-user=postgres --pgsql-password=vagrant --threads=80 --report-interval=1 --tables=100 --table-size=37000000 prepare

然后：

第一个prepare阶段使用一个写负载，第二个是只读负载。

此处不专注解释HugePage背后的理论和概念，而是专注于影响分析。参考https://lwn.net/Articles/717293/和https://blog.anarazel.de/2020/10/07/measuring-the-memory-overhead-of-a-postgres-connection/理解一些概念。

测试观察

测试期间使用free命令检查内存消耗。在使用行规内存页池时，消耗量从非常低的值开始。但它一直在稳步增长。“可用”内存以更快的速度耗尽。

最后他开始使用swap。使用vmstat采集swap活动：

/proc/meminfo的信息显示总页表大小从最初的45MB增长到25+GB

这不仅是内存浪费，也是一个巨大的开销，会影响程序和操作系统的整体执行。这个是80多个PG进程的Total of Lower PageTable entries 大小。

同样可以通过检查每个PG进程来验证。以下是一个示例：

这个值*80（个连接）大概是25GB，即PageTable总大小。由于此综合基准测试通过所有连接发送几乎相近的工作负载，因此所有单个进程的值都和上面获取的值非常接近。

下面的shell命令可以用于检查Pss（单个进程在系统总内存种实际使用量的比例）。由于PG使用共享内存，因此专注Rss没有意义。

for PID in $(pgrep "postgres|postmaster") ; do awk '/Pss/ {PSS+=$2} END{getline cmd < "/proc/'$PID'/cmdline"; sub("\0", " ", cmd);printf "%.0f --> %s (%s)\n", PSS, cmd, '$PID'}' /proc/$PID/smaps ; done|sort -n

如果没有 Pss 信息，就没有简单的方法来了解每个进程的内存职责。

在一个相当大的DML负载的数据库系统种，PG的后台进程如Checkpointer、Background Writer 或 Autovaccum worker将接触共享内存中更多页面，对于这些进程相应的Pss会更高。

这里应该可以解释为什么Checkpointer, Background worker,甚至 Postmaster进程成为OOM Killer的目标。正如上面看到的，他们承担这共享内存的最大责任。

经过几个小时的执行，单个会话接触了更多共享内存页面。Pss值重排，由于其他会话分担责任，因此checkpointer负负责的更少：

但是，checkpointer保留了最高的份额。

由于每个会话都完成几乎相同工作，这种测试是一种特定的负载模式。这不是一个典型的应用程序负载的一个很好的近似值。我们通常看到 checkpointer和background writers承担主要责任。

解决方案：启用HugePage

这种臃肿的页表和相关问题的解决方案是使用HugePages。可以通过查看PG进程的VmPeak来计算出应该为HugePage分配多少内存。例如若4357是PG的PID：

grep ^VmPeak /proc/4357/status
VmPeak: 148392404 kB

这里给出了需要的内存大小。将其转换２MB的页面得到大页个数：

postgres=# select 148392404/1024/2;
?column?
----------
    72457
(1 row)

在/etc/sysctl.conf中指定这个值到vm.nr_hugepages：

vm.nr_hugepages = 72457

现在关闭PG实例并执行：

sysctl -p

验证是否创建了请求数量的大页：

grep ^Huge /proc/meminfo
HugePages_Total:   72457
HugePages_Free:    72457
HugePages_Rsvd:        0
HugePages_Surp:        0
Hugepagesize:       2048 kB
Hugetlb:        148391936 kB

如果这个阶段启动PG，可以看到分配了HugePages_Rsvd ：

$ grep ^Huge /proc/meminfo
HugePages_Total:   72457
HugePages_Free:    70919
HugePages_Rsvd:    70833
HugePages_Surp:        0
Hugepagesize:       2048 kB
Hugetlb:        148391936 kB

如果一切正常，我们更愿意PG始终使用HugePage，而不是等到以后出现问题/崩溃。

postgres=# ALTER SYSTEM SET huge_pages = on;

需要重启使之生效。

使用HugePage “ON”进行测试

在PG启动前创建好HugePages。PG只是分配并使用他们。所以启动前后free结果不会有变化。如果他们已经可用，PG会将其共享内存分配到这些HugePage中。PG的shared_buffers是共享内存的最大占用者。

上图中第一个free -h是PG启动前结果，第二个free -h是启动后。正如看到的，没有明显变化。

我做了同样的测试，运行几个小时，没有任何变化。即使经过数小时运行，唯一明显变化的是将“空闲”内存转移到文件系统缓存。这是预期的，也是我们相应实现的。正如下图所示，总的“可用”内存几乎保持不变。

总页表大小几乎保持不变：

此时看到，HuagePages仅为61MB，而不是之前的25+GB。每个会话的Pss也大幅减少：

我们可以看到最大的优势是 CheckPointer 或 Background Writer不再占几个GB的RAM。仅有几MB的消耗，显然他们不再是OOM Killer的的候选受害者。

结论

本文讨论了Linux HugePage如何潜在地从OOM Killer和相关崩溃中拯救数据库服务。可以看到有2个改进：

1) 整体内存消耗大幅减少。如果没有HugePages，服务器几乎耗尽内存（可用内存完全耗完，开始swap）。然而一旦切换到HugePages，会有38-39GB的可用内存。节省很大

2) 启用HugePages后，PG后台进程不会占用大量共享内存。所以他们不会轻易地成为OOM Killer的受害者

如果系统处于OOM的边缘，这些改进可能会挽救系统。但并不是说用于保护数据库免受所有OOM的影响。

HugePages最初于2002年用到Linux内核，用于解决需要处理大量内存的数据库系统需求。可以看到整个设计目标仍然有效。

使用HugePages的其他间接好处：

1) HugePages永远不会被换掉。当PG共享缓冲区在HugePages中时，它可以产生更一致和可预测的性能。将在另一篇文章中讨论。

2) Linux使用多级页面查找方法。HugePages使用来自中间层的直接指向页面的指针实现的（2MB的大页面将直接在PMD级别找到，没有中间的PTE页面）。地址转换也相当简单。由于这是数据库中高频操作，所以收益成倍增加。

注意：本文中讨论的HugePages是关于固定大小（2MB）的巨页。此外，作为旁注，我想提一下，多年来透明 HugePages (THP)有很多改进，允许应用程序使用 HugePages 而无需任何代码修改。THP 通常被认为是通用工作负载的常规 HugePages (hugetlbfs) 的替代品。但是，不鼓励在数据库系统上使用 THP，因为它会导致内存碎片和延迟增加。我想在另一篇文章中讨论这个主题，只是想提到这些不是 PostgreSQL 特定的问题，而是影响每个数据库系统。例如：

1) Oracle 建议禁用 TPH。参考

https://docs.oracle.com/en/database/oracle/oracle-database/19/ladbi/disabling-transparent-hugepages.html#GUID-02E9147D-D565-4AF8-B12A-8E6E9F74BEEA

2) MongoDB 建议禁用 THP。参考

https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/transparent-huge-pages/

3) “众所周知，对于某些 Linux 版本的某些用户，THP 会导致 PostgreSQL 性能下降。” 参考https://www.postgresql.org/docs/current/runtime-config-resource.html