手把手教你配置在线版 Rstudio（图文详解）

生信菜鸟团

发布于 2021-10-21 15:04:13

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发布于 2021-10-21 15:04:13

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相信大家都用过本地版的 Rstudio，也时常被电脑卡死所困扰，也有用自己笔记本处理单细胞数据内存不够的 error，怎么解决？

Rstudio 官方其实有个可以在本地服务器安装的 server 版，也就是使用服务器的硬件配置，用自己的工作电脑登录浏览器就可以使用，避免以上问题。

那么接下来，和我一起配置起来：

测试环境

服务器系统：Debian 10 / Ubuntu 18 / Ubuntu 20

R版本：> 3.0

安装

1

安装 R 和 Rstudio 包

 sudo apt-get install r-base
 sudo apt-get install gdebi-core
 wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2021.09.0-351-amd64.deb
 sudo gdebi rstudio-server-2021.09.0-351-amd64.deb

安装完成后如图所示：

2

使用在线版Rstudio

现在回到你的浏览器中输入：your_id:8787

即可看到登录页面，这里输入用户名和密码即可登录

登录后，与本地版 Rstudio 界面与用法相同

3

防火墙问题

如果登录不了，可能原因是防火墙拦截端口

需要安装

 sudo apt-get update 
 sudo apt-get install iptables
 sudo apt-get install iptables-persistent

运行命令

 # 开放端口
 iptables -I INPUT -p tcp --dport 8787 -j ACCEPT
 iptables -I OUTPUT -p udp --dport 8787 -j ACCEPT
 # 保存防火墙规则, /etc/iptables/rules.v4
 sudo netfilter-persistent save

常用操作

1

重启

 sudo rstudio-server restart

2

关闭

 sudo rstudio-server stop

3

启动

 sudo rstudio-server start

4

检测配置文件

配置文件后，用于文件自检

 sudo rstudio-server verify-installation

5

查看状态

按 q 退出

 sudo rstudio-server status

正在运行状态

停止运行或运行错误状态

配置

安装完成后，会有两个 Rstudio-server 配置文件，如果不存在手动创建即可

！！！如果不清楚配置选项意义，请勿更改，可以会引起 Rstudio server 运行异常

 /etc/rstudio/rserver.conf
 /etc/rstudio/rsession.conf

1

rserver.conf 配置清单

 # 监听端口,默认为 8787
 www-port=8787
 # 地址，默认为0.0.0.0，会接收任何IP连接
 www-address=0.0.0.0
 # 指定库文件路径，一般不需要改动，可以用于添加系统标准库，第三方外部库文件依赖
 rsession-ld-library-path=/opt/local/lib:/opt/local/someapp/lib
 # 指定 R 路径
 rsession-which-r=/usr/local/bin/R
 # 设置用户权限
 auth-required-user-group=rstudio_users

2

rsession.conf 配置清单

 # 会话超时，默认 2 小时 Rstudio 没有操作就会断开服务器连接，如果有任务运行这不会断开
 session-timeout-minutes=120
 # 设置R包路径，默认在~/R/packages
 r-libs-user=~/R/packages
 # 镜像设置
 r-cran-repos=https://mirrors.nics.utk.edu/cran/