蛋白质工程中的一些数据库

遇到一本新书《A Practical Guide to Protein Engineering》--Tuck Seng Wong、Kang Lan Tee，在里边学到些数据库知识，记录在此，供诸君参考。

1，蛋白质序列分析

ProtParam（从蛋白质序列计算其理化性质，buffer选择，pH中性，离等电点1-2个单位）：https://web.expasy.org/protparam/

SignalP（预测信号肽及其切割位点）：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

Pfam（鉴定蛋白质家族、功能域及其功能位点）：https://pfam.xfam.org/

PROSITE（同上）：https://prosite.expasy.org/

InterPro（同上）：http://smart.emblheidelberg.de/

SMART（分析结构域）：http://smart.emblheidelberg.de/

2，DNA序列分析

Reverse Complement（反向互补序列）：https://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html

DNA Stats（统计碱基出现的次数）：https://www.bioinformatics.org/sms2/dna_stats.html

Translate（六框翻译）：https://web.expasy.org/translate/

Codon Usage（返回密码子使用频率）：https://www.bioinformatics.org/sms2/codon_usage.html

Reverse Translate（从蛋白->DNA）：https://www.bioinformatics.org/sms2/rev_trans.html

3，氨基酸序列比对中各符号的意思

*：完全一直

: ：相似氨基酸

. ：相似性较差

4，蛋白质结构数据库

PDB数据库：https://www.rcsb.org/

BMRB（核磁数据，储存蛋白、多肽、核酸和其它生物分子的核磁谱）：http://www.bmrb.wisc.edu/

二级结构预测：

JPred：http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred/

PSIPRED：http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/

三级结构预测（其它的自己学，但是下边两个都有在线软件，我买了一个4T硬盘，但是没来得及安装，呜呜呜）：

Alphold 2

RosettaFold 2

三级结构可视化

Pymol（Schrodinger的免费子软件，多数文章在用，有学术免费版本）

Swiss-PdbViewer

UCSF Chimera（这个的图最好看，虽然界面丑，但是出图好看）

5，蛋白质表达需要的标签

6，DNA浓度、纯度

A260/A280：蛋白质污染，dsDNA在1.85~1.88之间，RNA在2.1左右（RNA污染会使比例增大）

A260/A230：离子例如EDTA Triton 苯酚等，dsDNA在2.3~2.4之间，RNA在2.1~2.3之间

7，蛋白质表达的包涵体

有一些氨基酸倾向于形成包涵体，可以预测

Aggrescan：http://bioinf.uab.es/aggrescan/

PASTA：http://protein.bio.unipd.it/pasta2/

如何补救：

i)，变性后复性，8 M尿素，6 M 盐酸胍

ii)，再折叠，高pH(>12)，6 M n-丙醇，6 M 巯基乙醇

iii)，非变性溶剂， 0.4% 肌氨酰，5% DMSO，5% n-丙醇

8，蛋白质分析

发光基团数据库

Fluorophores.org ( http://www.fluorophores.tugraz.at/)

Zeiss Filter Assistant (https://www.micro-shop.zeiss.com/en/uk/shop/filterAssistant/dyes/)

FPbase (https://www.fpbase.org/)

直接分析

间接分析

9，蛋白质展示技术（写一个专题，生物技术，20号以前）

10，蛋白质纯化

Cytiva’s Principles & Methodology Handbooks (https://www.cytivalifesciences.com/en/us/support/handbooks)

Bio-Rad’s Protein Purification Solutions (https://info.bio-rad.com/PPD-RSLP1?source_wt=proteinpurificationupdate_surl)

Thermo Fisher Scientific’s Protein Purification Support (https://www.thermofisher.com/uk/en/home/technical-resources/technical-reference-library/protein-purification-isolation-support-center/protein-purification-support.html)

11，蛋白浓度测定

Bradford，直接检测，蛋白和染料的结合，光吸收，595nm

BCA，蛋白和铜离子的螯合反应，光吸收，562nm