小编总结
1.建立了SampleData[TrueTargets]语义类型
2.一个新工具:qiime tools cast-metadata,允许用户通过命令行将元数据列转换为新的 q2:types
3.一个新工具:qiime tools cast-metadata,允许用户通过命令行将元数据列转换为新的 q2:types
4.添加了新的语义类型: FeatureData[BLAST6]
5.修正了一个align_to_tree_mafft_fasttree方法的bug
QIIME 2 2021.8 版本现已推出!感谢所有参与的辛勤工作!下一版计划于 2021 年 810月(QIIME 2 2021.10)发布,请继续关注更新。看看QIIME 2 2021.8 文档[1]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息,以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题,请联系 QIIME 2 论坛!虚拟机生成将在下周的某个时候提供,关注论坛的更新!
SampleData[TrueTargets]
语义类型,允许目标元数据的输出来自split_data
和classify_samples
。请酌情更新脚本、工作流程等。卡住了?在论坛上寻求帮助。Metadata: blank
Artifact: .qza
Visualization: .qzv
另外,Metadata.save()
现在会返回文件路径(包含可选扩展),像Artifact, Visualization
一样。
sUnion
归一化例程中的一个小bugmethod.signature.decode_parameters
的bugfrom_checksum_format()
增加了反斜杠开头的路径处理的确认FeatureTable[Frequency]
和FeatureData[Sequence]
)。q2studio
安装指南,以解决 QIIME 2 论坛上报告的npm
安装包依赖问题。qiime tools cast-metadata
的详细信息, 还在“实用工具”页面下添加了有关如何使用此工具的完整教程。allow-error
。对于应该显示带有相关错误的命令块(而不是成功运行命令)的任何文档,这将是一个有用的补充。qiime tools cast-metadata
,允许用户通过命令行将元数据列转换为新的 q2:types
(不管是分类或连续的),这将允许用户以编程方式覆盖自动选择的 q2:types
,而无需求助于sed
等工具。summarize viz
的逻辑,以在生成直方图时限制箱数。这有助于减少可视化的运行时间和内存要求。_visualizer.py
中的mantel()
之前打开了plt.Figure()
的一个实例并且没有关闭它,消耗内存。他们添加了一行来关闭实例并在保存后释放内存。conda install
直接安装时的兼容性。align_to_tree_mafft_fasttree
方法的bug。以前,当n_threads
参数设置为auto
时,OMP_NUM_THREADS
环境变量将设置为 1(而不是用户计算机上可用的最大线程数)。这已得到解决,现在当n_threads
设置为 auto
时,将使用:thread:s
的最大数量。filter-table
的同源词。FeatureData[BLAST6]
。对 BLAST 搜索结果格式的支持将对 qiime2框架内的几个潜在功能有用。许多序列比对器,例如 BLAST、DIAMOND、VSEARCH,都使用这种输出。快乐Qiiming吧!
[1]
QIIME 2 2021.8 文档: https://docs.qiime2.org/2021.8/
[2]
q2-sample-classifier: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/q2-sample-classifier
[3]
QIIME 2 Framework: https://github.com/qiime2/qiime2
[4]
library: https://library.qiime2.org/
[5]
docs : https://docs.qiime2.org/2021.8
[6]
dev-docs: https://dev.qiime2.org/
[7]
workshops: https://workshops.qiime2.org/
[8]
q2cli: https://docs.qiime2.org/2021.8/interfaces/q2cli/
[9]
q2-feature-table: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/available/feature-table/
[10]
q2-diversity: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/available/q2-diversity
[11]
q2-diversity-lib: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/available/q2-diversity-lib
[12]
q2-phylogeny: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/q2-phylogeny
[13]
q2-sample-classifier: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/q2-sample-classifier
[14]
q2-types: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/q2-types