头痛欲裂，加载同样的包每次报错还不一样

生信技能树

发布于 2021-11-04 14:07:43

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发布于 2021-11-04 14:07:43

文章被收录于专栏：生信技能树

因为前面的Mac电脑键盘掉漆，而且tab键失灵，恰好新学期学生优惠开始了，就顺便换了个新Mac。配置环境后出现了超级诡异的事情，前前后后折腾了两三天，值得分享一下：

一般来说，拿到全新电脑，就按照我五年前写的生物信息学办公电脑环境配置教程安装好R和rstudio，以及对应的R包，详见：http://www.bio-info-trainee.com/3727.html

但是加载包的时候，出现了让我百思不得其解的报错情况，每次我都需要重新打开rstudio，然后加载 library(RTN)，你能看到下面有几种不同的报错吗？

*** recursive gc invocation
*** recursive gc invocation
*** recursive gc invocation
错误: package or namespace load failed for ‘RTN’ in is(fdef, "groupGenericFunction"):
 找不到对象'object'
 
 错误: package or namespace load failed for ‘RTN’ in assign(.sigLabel(sig), el, envir = table):
 第一个参数不对
 
 
> library(RTN)
错误: package or namespace load failed for ‘RTN’ in .getGeneric(f, where, package):
 'The argument "f" to getGeneric'必需是单一字符串(现在它是类别为"call"的对象)
*** recursive gc invocation
*** recursive gc invocation
*** recursive gc invocation
错误: package or namespace load failed for ‘RTN’ in namespaceImportFrom(self, asNamespace(ns), from = from, except = except):
 'installTrChar' must be called on a CHARSXP, but got 'environment'
 
 
错误: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in `parent.env<-`(`*tmp*`, value = if (!is.null(data$enclos)) data$enclos else emptyenv()):
 参数不是环境
 
> R_system_version()
Error in .make_numeric_version(x, strict, .standard_regexps()$valid_R_system_version,  :

起码是五种不同的报错提示，本来是准备去GitHub或者Stack Overflow求助的，先看了看自己的电脑环境：

> sessionInfo()
R version 4.1.1 (2021-08-10)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Big Sur 11.5.2

Matrix products: default
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.1/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] zh_CN.UTF-8/zh_CN.UTF-8/zh_CN.UTF-8/C/zh_CN.UTF-8/zh_CN.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] compiler_4.1.1    minet_3.50.0      magrittr_2.0.1    limma_3.48.3      snow_0.4-4       
 [6] parallel_4.1.1    tools_4.1.1       igraph_1.2.7      RedeR_1.40.5      data.table_1.14.2
[11] pkgconfig_2.0.3  
>

我留意到了两件事，首先自己的Mac电脑并不是最新版系统，目前是macOS Big Sur 11.5.2 ，而最新版是：macOS Monterey ，其它一些版本如下所示：