跟着Nature Microbiology学作图：R语言ggplot2做黑白格的热图

用户7010445

发布于 2021-12-01 18:21:08

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发布于 2021-12-01 18:21:08

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本地文件 s41564-021-00997-7.pdf

论文

Protective role of the Arabidopsis leaf microbiota against a bacterial pathogen

image.png

今天的推文来重复一下论文中的figure6a

image.png

今天的推文先画黑白格的热图，关于添加线段注释和左侧的绿色热图放到下期推文介绍

首先是示例数据集

image.png

读取数据

library(readxl)
library(tidyverse)

df<-read_excel("41564_2021_997_MOESM14_ESM.xlsx",
               n_max = 40)

这里用到了n_max参数，是因为数据文件的结尾还有一行数据，这里我不想读入，最方便的办法是直接手动删掉，不想删就指定读取的行数

宽格式数据转换为长格式

df %>% 
  select(-Func_name) %>% 
  pivot_longer(!Func_id) -> dfa

赋予因子水平

dfa$Func_id<-factor(dfa$Func_id,
                    levels = df$Func_id)
dfa$name<-factor(dfa$name,
                 levels = rev(colnames(df)[3:16]))

dfa$value<-as.character(dfa$value)

dfa %>% 
  mutate(new_col=case_when(
    value == "0" ~ "0",
    value == "1" ~ "1",
    value == "2" ~ "2",
    value == "3" ~ ">2",
    value == "4" ~ ">2"
  )) %>%
  mutate(new_col=fct_relevel(new_col,c(0,1,2,">2")))-> dfb

最后是作图代码

library(ggplot2)

ggplot(data=dfb,aes(x=Func_id,y=name))+
  geom_tile(aes(fill=new_col),
            color="black")+
  theme_bw()+
  theme(panel.border = element_blank(),
        panel.grid = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        #legend.title = element_blank(),
        axis.text.x = element_text(angle=90,vjust=0.5))+
  scale_fill_manual(values = c("#ffffff","#b8b8b8",
                               "#4b4b4b","#242424"))+
  labs(fill="Genes")