综合性转录后调控预测数据库

关于转录后调控，之前我们也介绍过很多这个方面的数据库了。其中包括一个我们之前介绍的综合性转录后分析数据库：[[POSTAR2-转录后调控预测网站]]。恰巧最近这个数据库更新了3.0版本。所以我们今天就介绍一下这个新版本的数据库的功能。POSTAR3 (http://postar.ncrnalab.org)

背景数据库

在 POSTAR3 当中主要是通过分析一些高通量测序的数据来进行预测的。通过对测序数据的分析总共包括了以下 8 个模块

1. CLIPdb: 在这个里面作者汇总了351个 RNA 绑定蛋白的功能和他们的绑定位点(基于CLIP-seq).
2. RBP Binding Sites: 作者收集了1499个 CLIP-seq的数据来预测 RNA绑定蛋白的具体绑定位点

1. RNA Crosstalk: 转录后调控，除了 RNA 绑定位点的调控。因此作者收集了miRNA绑定位点的信息， RNA修饰位点的信息以及RNA编辑位点的信息来进行综合预测。

1. Genomic Variants: 对于上面预测到的 RNA绑定位点，其序列的变化也会影响这些绑定位点的改变。因此作者利用多个基因组变异数据库(dbSNP, 千人基因组, GTEx)来分析基因组的变异对 RNA绑定位点的影响。

1. Disease Mutations: 以上基因组的变异是基于正常人的的数据来分析的。但是这些变异不一定影响疾病的发生。为了探讨哪些影响疾病有关的变异对RNA绑定位点的变化。作者收集了ClinVar, PanTCGA, PCAWG, CCLE, GWASdb2, denovo-db, COSMIC, 和 HmtDB的数据来分析疾病相关的基因组变异对 RNA 绑定位点的影响。

1. Structurome：基于structure-seq 来分析基于RNA二级结构和RNA绑定位点的关系

1. Translatome: 基于 Ribo-seq来分析翻译过程当中的开放阅读框的位置。

1. Degradome：基于degradome-seq来分析 miRNA介导的RNA降解的具体位置。

数据库使用

由于 POSTAR3 其实也是把数据已经分析好，然后就需要查询结果的储存类的数据库。因此数据库的使用也就是选择想要分析的模块，然后基于提示输入想要的内容即可。这里，我们就用RNA Crosstalk 这个模块来进行演示。

在选择View details 之后。我们只需要选择想要分析的物种以及输入想要分析的 RNA即可。

输入完成点击Search RNA 即可得到相对应的结果。结果都是通过表格的形式来进行展示的。

由于在这个模块当中我们是想要查看 RNA绑定位点是否和其他方面的调控的有重叠。因此就可以看到，比如 miRNA绑定位点和 RNA绑定位点重叠在一起的表格结果。

总的来说

以上就是这个数据库的基本使用方法了。在这个数据库当中考虑了多种和转录后调控相关的内容。因此想要了解一个基因转录后调控相关的东西的话。不妨可以使用这个数据库进行综合性的预测一下。

不过可惜的还是，这个数据库没有提供数据下载功能。