VThunter | 基于单细胞测序的病毒受体基因表达数据库

[[单细胞测序]] 作为一个特别特别已经火上天的测序技术。之前所有在 bulk RNA-seq 上面分析的内容。基本上可以在 scRNA-seq 上面重新来一遍。对于一些在线的数据库也是这样的。我们在研究肿瘤的时候，之前可能只是基于单纯的 RNA-seq 来看一下基因的表达，例如 [[GEPIA2-TCGA表达分析数据库]]，但是 scRNA-seq 的增多之后，就会有了 [[CancerSCEM-肿瘤单细胞基因表达图谱]] 这样在单细胞水平看基因的表达情况。 同样在病毒感染方面，之前也有预测病毒感觉的受体在不同组织当中的表达情况的数据库，那么单细胞数据多了之后也就有了 VThunter: https://db.cngb.org/VThunter/VThunter/index 。这个基于单细胞测序观察不同物种当中病毒受体表达情况的数据库。

背景数据集介绍

在 VThunter 当中，作者首先收集了多个物种的单细胞测序的数据。作者使用 Gene Expression Omnibus (NCBI/GEO, Human Cell Atlas Portal (HCA), Single Cell Expression Atlas (EMBL-EBI/SCEA) 以及 Mouse Cell Atlas 四个测序数据储存工具检索单细胞相关的数据。通过检索，作者获得了在 47 个物种当中的 285 个单细胞测序的数据。

在经过流程化的分析之后，就可以知道基因在不同细胞当中的表达情况了。进一步就是要分析病毒相关受体的表达情况。所以作者基于 the Viral Receptor database 和 UniProt 收集了 142 种病毒的受体基因是什么。

基于以上两个数据，就可以查询病毒受体在不同物种的 scRNA-seq 当中的表达情况了

数据库使用

VThunter 提供了基于病毒/宿主进行查询的两个功能。

这里，我们想要查看丙肝相对应的受体的表达情况。那就可以找一下丙肝病毒。

在点击Details之后首先可以看到的就是作者收集的丙肝病毒的受体基因是那些。

我们需要做的就是选择想要查看的受体基因以及想要查看的物种即可。这里我们选择CLDN1 以及人类

结果展示

选择之后，首先可以看到关于受体基因的基本的描述，同时也可以看到包括的单细胞测序的数据信息

进一步，可以关系目标受体基因在不同组织当中的单细胞当中的表达情况

同时为了了解这个受体在不同的组织的表达情况。VThunter 还提供了基因基本的表达情况 (基于 [[gene-基因基本信息查询数据库]] 以及 [[The Human Protein Atlas-人类蛋白免疫组化表达数据库]])

总的来说

以上就是这个数据的基本情况了。在 VThunter 当中同时也提供了所有单细胞测序的下载链接。

总的来说 VThunter 其实就是一个单细胞测序基因表达查询数据库的一个分支。基于病毒受体来来观察某几个基因的表达情况。由此扩展的话，基于这个测序的所有数据，那么再收集一些细菌的受体基因。那是否就可以构建一个 Bahunter 的数据库呢？