多序列比对软件Jalview的安装及使用体验

Jalview是一个用于多序列比对编辑、可视化和分析的免费程序。使用系统发育树和主成分分析 (PCA) 图对序列进行分析，并探索分子结构和注释。

Jalview 内置了 DNA、RNA 、蛋白质序列的结构可视化和分析功能，它使用 Jmol 查看 3D 结构，使用 VARNA 显示 RNA 二级结构，Jalview 还可以连接数据库进行分析服务。

软件下载

Jalview为免费软件，可根据电脑系统选择下载，可支持Win、Mac和Linux系统。下载链接如下：

http://www.jalview.org/getdown/release/

安装前请先下载安装Java，下载完成后全部默认安装即可。

使用体验

安装好Jalview后，打开软件会自动弹出这些界面，这是该软件的内置信息，目的就是为了展示该软件的主要功能及可视化效果。可以通过下图大致看到，可以实现以下功能：

1、多序列比对

2、显示保守区间、比对质量和共有序列

3、对多序列比对结果进行编辑

4、构建进化树

5、显示序列的蛋白结构

通过如下操作，导入文件，可支持多种文件格式（.fasta、.aln等），也可直接导入clustalx的比对结果。

使用Jalview进行多序列比较，它可以使用的比对方法较多。

各软件的比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。（参考：https://www.jianshu.com/p/19ce91d3dfe8）

这里我们使用的是Muscle

比较结果如图所示

将多序列比较结果分行显示

更改配色方案

更改序列的排列顺序

隐藏保守区间、比对质量和共有序列注释结果，将“Show annotations”取消勾选。

输出图片，可保存为HTML、PNG、SVG等格式

使用体验

Jalview可一站式完成多序列比较、图形的美化及编辑，使用的比对方法、算法丰富，图形美观、颜色多样。此外还可以展示系统发育树和蛋白结构（后续将测试、更新）。

Jalview一些功能需要联网才能操作。可能不能随意改变序列的排列顺序及序列名称（还未测试）。总体来讲体验较好，方便了相关科研和临床工作。

另外，基于Web的JalviewJS应用程序的alpha版本也可以通过JalviewJS链接获得。Jalview的基于Web的版本与Jalview Java程序相同，可使用Java2Script和SwingJS编译成JavaScript。