R绘图

原创

ruochen

发布于 2021-12-06 13:14:56

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发布于 2021-12-06 13:14:56

先构造一个练习数据集，假设有15个病人，每个病人有年龄、性别、症状、是否有RNA-seq和WES测序等信息。

library(ggplot2)

library(tidyverse)

library(reshape2)

library(RColorBrewer)

clinical.df=data.frame(

  patient=paste("P",seq(1:15),sep = ""),

  age=sample(20:80,15,replace = T),

  gender=sample(c("male","female"),15,replace = T),

  symptom=sample(c("mild","moderate","severe"),15,replace = T),

  RNAseq=sample(c("yes","no"),15,replace = T),

  WES=sample(c("yes","no"),15,replace = T)

年龄可以看做是连续的，我们进一步分成三个level，最终的数据格式如下：

clinical.df$age=ifelse(clinical.df$age < 40,"level1",

                       ifelse(clinical.df$age < 60, "level2","level3"))

# head(clinical.df)

# patient    age gender  symptom RNAseq WES

# 1      P1 level2 female moderate    yes yes

# 2      P2 level2   male     mild    yes yes

# 3      P3 level2 female     mild     no  no

# 4      P4 level1   male   severe     no yes

# 5      P5 level2   male     mild    yes  no

# 6      P6 level3 female moderate     no yes

在使用geom_tile画方块图之前，需要将宽数据转换为长数据，使用到reshape2中的melt函数

clinical.df2=melt(clinical.df,id="patient")

# head(clinical.df2)

# patient variable  value

# 1      P1      age level2

# 2      P2      age level2

# 3      P3      age level2

# 4      P4      age level1

# 5      P5      age level2

# 6      P6      age level3

接下来，为了自定义图形横纵轴变量的顺序，可以人为定义因子变量，并指定因子的level。 （这种方法在实际画图中，经常用到）

clinical.df2$patient=factor(clinical.df2$patient,levels = paste("P",seq(1:15),sep = ""))

clinical.df2$variable=factor(clinical.df2$variable,levels = c("WES","RNAseq","symptom","gender","age"))

然后是自定义颜色，创建一个命名的字符串向量，表示颜色的字符串都是通过R包RColorBrewer查询的，可以参考我之前的一篇笔记：ColorBrewer配色方案

cols=c(

  "level1"="#E5F5E0","level2"="#A1D99B","level3"="#41AB5D",

  "male"="#66C2A5","female"="#FC8D62",

  "mild"="#377EB8","moderate"="#FFFF33","severe"="#E41A1C",

  "yes"="black","no"="lightgrey"

最后开始画图

clinical.df2%>%ggplot(aes(x=patient,y=variable))+

  geom_tile(aes(fill=value),color="white",size=1)+ #color和size分别指定方块边线的颜色和粗细

  scale_x_discrete("",expand = c(0,0))+ #不显示横纵轴的label文本；画板不延长

  scale_y_discrete("",expand = c(0,0))+

  scale_fill_manual(values = cols)+ #指定自定义的颜色

  theme(

    axis.text.x.bottom = element_text(size=10),axis.text.y.left = element_text(size = 12), #修改坐标轴文本大小

    axis.ticks = element_blank(), #不显示坐标轴刻度

    legend.title = element_blank() #不显示图例title

ggsave("tmp.pdf",device = "pdf",width = 21,height = 7,units = "cm")

图中右侧的图例并不是我们想要的，这时还需要用AI稍微编辑一下。

原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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