fasta转phylip格式

install.packages("BiocManager")

BiocManager::install('devtools')

BiocManager::install('phylotools')

library(devtools)

library(phylotools)

dat <- read.fasta("aligned_fasta.fasta")

dat2phylip(dat, outfile = "out.phy")

cat SpeciesTreeAlignment.fa |tr '\n' '\t'|sed 's/>/\n/g' |sed 's/\t/      /'|sed 's/\t//g'| awk 'NF > 0' > supergene.phy.tmp

awk '{print "  "NR"  "length($2)}'  supergene.phy.tmp|tail -n 1 | cat -  supergene.phy.tmp >  supergene.phy

在括号内说明每一步的作用:

cat SpeciesTreeAlignment.fa |tr '\n' '\t' (将换行符替换为制表符) | sed 's/>/\n/g' (将每个序列名前面的>符号替换为换行符) |sed 's/\t/      /' (将每行第一个的制表符替换为多个空格) |sed 's/\t//g' (删除剩余的制表符,使序列连成一条线) | awk 'NF > 0' (删除空行)> supergene.phy.tmp (临时保存)

awk '{print "  "NR"  "length($2)}'  supergene.phy.tmp (计算序列长度)| tail -n 1 (返回最后一行,包括了行数与序列长度) | cat -  supergene.phy.tmp (-为上一管道数据) >  supergene.phy(最终文件)