学会编写脚本详解

背景

后续我们的生信分析。除了了解软件的使用方法外，重要的就是编写脚本了。简单的说就是提供给软件你需要执行的操作，你与计算机之间的交流等都可以写成脚本。

本篇推文带你了解脚本的语法、编写以及各种快捷键，打好编写代码的基础。

一、什么是脚本

脚本：Scripts 指表演戏剧、拍摄电影等所依据的底本或书稿的底本，简写为 sh。脚本可以分为交互式（Interactive）执行与批处理（batch）。在生物信息分析中，将执行的一条或多条命令保存在一个文件中，称为脚本文件，脚本文件可以记录运行的命令状态，并且便于分享，而且可以自动化运行多个命令。

脚本五要素：

1. 软件：软件写在第一位

2. 输入内容：可以是文件，也可以是命令行输入。

3. 输出内容：可以屏幕输出，也可以保存到文件内。

4. 选项参数：通过单个连字符的短选项-，或者两个连字符的长选项--

5. 日志：记录软件运行信息及错误信息，便于排错，通过重定向保存。

二、vim 编辑脚本

2.1 打开文件

vim 是 Linux 系统自带的文本编辑器，可以理解成为 windows 系统下的 word 软件。

vim scripts.sh
i a u 切换为插入模式
ESC 切换为命令模式

按“i”切换进入插入模式 insert mode，从光标当前位置开始输入文件；

按“a”进入插入模式后，是从目前光标所在位置的下一个位置开始输入文字；

按“o”进入插入模式后，是插入新的一行，从行首开始输入文字。

2.2 如何退出vim？

按 ESC 将 vim 从插入模式或者 visual 模式切换为命令模式。首先按esc键切换到命令模式，然后按“shift+：”冒号表示可以输入命令了然后按

q！不保存退出
wq 保持退出或者x保存退
w+文件名 另存为一个文件

2.3 移动光标

vi 可以直接用键盘上的光标来上下左右移动，但正规的 vi 是用小写英文字母 h、j、k、l，分别控制光标左、下、上、右移一格。

按 ctrl+b：屏幕往"后"移动一页。
 按 ctrl+f：屏幕往"前"移动一页。
 按 ctrl+u：屏幕往"后"移动半页。
 按 ctrl+d：屏幕往"前"移动半页。
 按数字 0：移到文章的开头。
按 G：移动到文章的最后。
shfit+4：移动到光标所在行的"行尾"。
shfit+6：移动到光标所在行的"行首"
 按 w：光标跳到下个字的开头
 按 e：光标跳到下个字的字尾
 按 b：光标回到上个字的开头
 按#l：光标移到该行的第#个位置，如：5l,56l。

2.4 删除文字

x：每按一次，删除光标所在位置的"后面"一个字符。
 #x：例如，6x 表示删除光标所在位置的"后面"6 个字符。
 X：大写的 X，每按一次，删除光标所在位置的"前面"一个字符。
 #X：例如，20X 表示删除光标所在位置的"前面"20 个字符。
 dd：删除光标所在行。
2dd：从光标所在行开始删除2行，下面为差别举例
1d+键盘上箭头：删除光标所在行和上一行，共2行
1d+键盘下箭头：删除光标所在行和下一行，共2行
1dd：删除光标所在行，共1行

2.5 复制

yw：将光标所在之处到字尾的字符复制到缓冲区中。
 #yw：复制#个字到缓冲区
 yy：复制光标所在行到缓冲区。
 #yy：例如，6yy 表示拷贝从光标所在的该行"往下数"6 行文字。
  p：将缓冲区内的字符贴到光标所在位置。注意：所有与"y"有关的复制命令都必须与"p"配合才能完成复制与粘贴功能。

2.6 替换

r：替换光标所在处的字符。
 R：替换光标所到之处的字符，直到按下 ESC 键为止。

2.7 回复上一次操作

u：命令模式下，按 u，后退
ctrl+R：命令模式下，前进

2.8 更改

cw：更改光标所在处的字到字尾处
 c#w：例如，c3w 表示更改 3 个字

2.9 跳至指定的行

ctrl+g 列出光标所在行的行号。
 #G：例如，15G，表示移动光标至文章的第 15 行行首。

三、执行脚本

脚本中包含多条命令，如果想运行脚本的命令，在 CentOS 系统上使用 sh 命令，在 Ubuntu系统中使用 bash 命令，系统将按顺序依次执行脚本中的命令。脚本中也可以添加控制条件以及循环操作，这就属于 Linux Shell 编程。

sh prodigal.sh
bash prodigal.sh

四、vim 配置

vim 配置文件在home目录下创建一个.vimrc 文件即可。

$ vim ~/.vimrc #以下内容选择性设置即可
filetype on #支持不同文件扩展名不同语法高亮
syntax on #语法高亮 
set autoindent #自动缩进
set nu #设置行号
set tabstop=4 #Tab 缩进数目
set softtabstop=4
set expandtab
set shiftwidth=4
set ruler # 设置标尺
set backspace=indent,eol,start
set backspace=2
set expandtab #设置自动缩进
set cindent shiftwidth=4 缩进的字符个数
set foldcolumn=4 #设置折叠模式

五、vscode 查看文本

在做生物信息分析过程中，经常需要查看序列，编辑文本，修改程序代码等，这个过程中就需要使用文本编辑器。一般系统自带的文本编辑器都过于简单，例如 windows 的记事本等，不能打开大文件，不能识别不同换行符，不支持语法高亮等，无法达到工作要求。优秀的文本编辑器有很多，例如收费的 Utraledit，Sublime Text3，editplus 等，免费的有 notepad++，atom等，这里我们推荐使用微软推出的vscode编辑器，它的一个显著特性就是支持windows，mac 和 Linux 多个平台，使用体验都差不多。安装完在图形界面下，可以使用右键快速打开多种扩展名的文本文件。

下载地址：

https://code.visualstudio.com/

记得安装过程最后一步将图中两项勾选上，方便默认打开文件。