04. R studio/R 工具指南（三：R包安装与使用常见问题）

目录：

• R包来源
• R包安装前设置
• R包安装与加载
  • R包来源决定安装使用的代码
  • 安装后需要加载才能用
• R包的使用逻辑及帮助
  • 帮助
• R包使用常见问题
  • (1)大片提示信息
  • (2)packages not available
  • (3)别更新
  • (4)依赖包问题
  • (5)connection问题

部分内容参见 生信技能树课程

R 包基本介绍与相关函数

mean(), list(), sample()，这些function 都来自于某package中。这些函数以及它们的package 都作为基础的包默认安装在了R中。（安装R 就会默认安装它们）

通过install.packages() 下载包 通过library() 加载安装的包 通过require() 加载安装的包，和library不同，该命令会返回一个布尔值，若为TRUE表示有下载的包，且完成了加载。通过search() 查找运行的包

★要点：一次只能运行一个包。”

R包来源

(1)CRAN网站https://cran.r-project.org/web/views/(2)Bioconductorhttps://bioconductor.org/(3)githubhttps://github.com

R包安装前设置

镜像

镜像网站相当于主网站的副本，在访问主网站存在障碍时，访问镜像 网站也可。R和Bioconductor主网站位于国外，选择国内的镜像可加快访问速度。

国内镜像推荐

清华镜像(tuna，Beijing) 中科大镜像(ustc，Hefei)

镜像设置方法

方法1：tools–global option-packages-选择中科大或清华 方法2：代码设置

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

R包安装与加载

可以直接在Rstudio中下载。

R包来源决定安装使用的代码

CRAN：install.packages() Biocductor: BiocManager::install() Github:devools::install_github()

from CRAN

例：tidyr

install.packages("tidyr")

form Biocductor

install.packages('BiocManager')
BiocManager::install("ggplot2")

由于2008年以后 BiocInstaller:biocLite() 就不再使用，因此有的老教程使用该命令应该替换为BiocManager。

from github

install.packages('devtools')
devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee") #括号里写包名，本地安装的方法。

来源未知

谷歌、必应搜索包名，即可找到。

前两个命令逐个试一下，一个命令不成功就用另一个。

判断式安装

有时候我们不确定安装的R包是否已经存在，因此可以使用语句作为前提进行检验。

if(!require(ggplot2))install.packages('BiocManager')

安装后需要加载才能用

一次安装，每次打开新的session都要加载。

加载：二选一，不加引号,library()或require()

library() require()

library(tidyr) require(tidyr)

R包的使用逻辑及帮助

(1)安装包-加载包-使用包里的函数

如报错：找不到函数，则加载函数所在的包，重试。如报错：不存在叫xx名字的包，则安装xx包，重试。⚠️！！！library()是检查是否安装成功的标准。！！！

(2)已安装、不加载，直接使用

BiocManager::install() dplyr::filter()包名 ::函数名 ，表示显式的指定用某个包里的某个函数，通常用于实战中仅用一次的函数，也适用于两个包中的函数名有冲突的情况。（有时候可能不同的包中使用的函数命名了相同的名字）

帮助

(1)快速查看函数帮助文档

?max或者help("max")，主要看描述/参数/实例。example 非常好用，可以直接给出相关的使用语句。

?seq
help("seq")
example("seq")

(2)找R包介绍页面(CRAN或Bioconductor)

可以找到该R包最详细的介绍，包括安装使用的代码及详细的pdf文档。

(3)少数R包有cheatsheets

https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/

(4)browseVignettes

直接查看R包的网页说明书。

browseVignettes('ggplot2')

(5)ls 查看包中函数

> head(ls('package:ggplot2'),5)
[1] "%+%"        "%+replace%" "aes"        "aes_"       "aes_all"   

R包使用常见问题

(1)大片提示信息

检查是否有error，没有就忽略

(2)packages not available

原因1：包名写错 原因2：安装命令使用错误 原因3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符(极少)

(3)别更新

能不更新就不更新，除非一直报错。安装命令加参数：update = F, ask = F。问是否更新的、“不存在”的是依赖包

(4)依赖包问题

它问是否更新的是依赖包 R包之间存在复杂的依赖关系 使用A包，就必须同时用B、C， 而C又依赖了D包 理论上: 安装A，就会自动安装BCD 加载A，就会自动加载BCD 实际上：常会因为一两个依赖包的安装失败，导致你想安装的那个包安装失败。

(5)connection问题

切换镜像，检查网络连接，如果都没有问题，运行。

最后再来推荐一下我的包

https://github.com/mugpeng/pengToolkit

# install devtools
install.packages("devtools")

devtools::install_github("mugpeng/pengToolkit")