06. Linux 介绍与工具使用（五：使用conda 下载并管理你的软件）

北野茶缸子

发布于 2021-12-17 09:29:19

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发布于 2021-12-17 09:29:19

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用conda 做你的软件管家

和苹果的app store, 手机的软件管家一样，linux 也提供了conda（miniconda）这样一个软件中心。

我们可以在里面找到各种工具，实现快速的一键式安装，而且可以通过设定不同的环境，使各自依赖的环境相互隔离，不至于使内部安装环境乱成一团。通过conda install便可实现各种软件的安装。

安装conda

下载

20-12-12 目前最新的镜像版本：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.9.2-Linux-x86_64.sh

通过wget 对应相应的下载地址，直接通过linux 下载对应下载包。

安装

一路 yes 到底

激活环境

image.png

如果不希望命令行默认进入conda base 环境，可以输入：

conda config --set auto_activate_base false
source ~/.bashrc #再重新激活一下bash

配置镜像

需要注意的是，conda 从镜像下载内容存在先后顺序，它会优先检索后添加的镜像。

conda config --add channels r 
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

这里再推荐一波北外的镜像，实际体验优于清华源：

conda config --add channels r 
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

其他conda 选项及镜像源：

conda config --show channels # 显示所有镜像通道路径命令
conda config --remove-key channels #清除添加的镜像源
# 当然我们也可以通过cat查看
cat ~/.condarc

#添加中科大镜像源命令:
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels y


#添加阿里镜像源命令:
conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/

使用conda

帮助文档

创建环境

创建环境的目的，是为了让依赖不同环境要求的软件可以放置在相同的环境内，以防止不同环境要求的软件因为环境变化产生冲突。

# 创建名为rna的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件
conda create -y -n  rna  python=3
# 创建小环境成功，并成功安装python3版本
# 每建立一个小环境，安装一个python=3的软件作为依赖
# -n 指定环境名，-y 后面可以跳过确认的选项

# 查看当前conda环境
conda info -e

# 每次运行前，激活创建的小环境rna
conda activate rna

# 退出小环境
conda deactivate

conda 的其他命令

image.png

用conda 安装软件

前言

这里最好已经创建了相应的环境，并进入了相关的环境，以防止造成环境污染。

另外软件的原名可能和conda 中的名字不一样。如 sratoolkit 与 sra-tools 。

## 小知识点
# 下载安装软件之前先搜索是否存在
http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
网页搜索：conda ascp

安装

关于conda 的安装相关选项可可以参考：https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/commands/install.html

# 安装 fastqc 软件
conda  install  fastqc

# 调出帮助文档
fastqc --help

# 可以一次安装多个软件
conda install -y sra-tools  trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp

## 不是通过软件名来调用帮助文档，而是软件的命令
# sra-tools
prefetch --help
fastq-dump --help
which prefetch

#  trim-galore
trim_galore --help

# hisat2
hisat2 -h

# subread
featureCounts

# multiqc
multiqc --help

# samtools
samtools
which samtools

# salmon
salmon

# fastp
fastp --help

命令总结

conda --version # 查看conda 版本
conda create -n xxx python=2 # 创建xxx 的环境，依赖py2.0
conda info --envs # 查看当前环境
conda info -e # 也可以查看环境
conda env remove -n env_name # 删除某个环境
source active xxx # 激活环境
source deactivate # 退出当前环境
conda remove package_name # 删除某个包
conda create -n new_env_name old_env_name # 直接复制某个环境
conda install package_name # 安装某个包
conda search package_name # 在conda 软件库中搜索某个包
conda update package_name # 更新某个包
conda list # 查看当前环境下安装的内容

ps：现在有个conda 的兄弟，mamba 也非常好用。小伙伴们可以自行了解一下～

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原始发表：2021-09-19，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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