互联网游荡杂志-第八期-跟着桑格研究所学习单细胞

这里记录一段时间我在互联网上看到的有意思的内容与信息，防止它们在我的脑袋里走丢了。

灵感来自于阮一峰的网络日志：科技爱好者周刊[1]。

本杂志开源（GitHub: mugpeng/second_brain[2]），欢迎提交issues[3]，上传你的所见所闻。亦或对这样的网络杂志提供建议😊。

因为内容比较多的缘故，建议你通过使用sourcegraph[4] 搜索杂志中感兴趣的内容。我写了一篇其用法的简明笔记：好物分享第12弹-用三款软件实现“内容检索自由”

封面图

真相大白：如何根治中式英语？_哔哩哔哩_bilibili[5]

作者提出了一个有意思的观点：根治中式英语的关键其实是改善西式中文。

会思考的乌鸦

你觉得一个优秀的领导者需要具备哪些品质呢？

一、编程与工具

1、字幕制作｜语音转文字，这个免费神器足以！(qq.com)

在进行视频创作时，视频剪辑要花费大量的时间，最为耗时费劲的估计就是字幕制作了。

作者总结了制作字幕的方式通常有以下几种：

• AI字幕识别服务。比如讯飞听见字幕。（付费）
• 字幕自动识别软件。比如剪映。（免费，但导出视频会压缩视频质量）
• 手动制作字幕。（步骤较繁琐，但是质量完全可控）

作者的工作流是：通过QuickTime Player --> CloudConvert --> 迅捷语音识别

2、Zotero（1）：文献管理软件Zotero基础及进阶示范 - 阳志平的网志 (yangzhiping.com)[6]

号称文献管理界的vs code，知识管理方面的集大成者，暴打endnote，脚踢notepress，真＊劫富济贫＊不收你钱的zotero君是也。

作者写了一个系列的教程介绍，非常的全面了。

目前，zotero 是我的一个电子书和文献架，未来我也打算将其与obsidian 实现文献笔记联动。

我先前也写了关于zotero 的文章：好物分享第六弹——让zotero成为你的文献图书馆 (qq.com)

3、Write With Transformer (huggingface.co)[7]

一个基于上下文的AI辅助英文写作工具：

4、派评 | 近期值得关注的 App - 少数派 (sspai.com)[8]

• 搜索进化：安卓手机的比自带搜索更全能的搜索工具 搜索进化 SearchEVO(com.jwg.searchEVO) - 1.9.2.1 - 应用 - 酷安 (coolapk.com)[9]
• 解忧娃娃：把忧愁说给你听

5、「滴答清单」×「快捷指令」，提升效率小技巧 (qq.com)

个人感觉苹果的快捷指令是非常值得玩弄的科技呀！

二、生信

6、Nature | 基于生物知识定制神经网络架构 (qq.com)

作者开发了一个有生物学依据的深度学习模型P-NET，可以利用分子数据预测癌症状态，其性能优于其他建模方法。此外，P-NET的生物学可解释性揭示了既定的和新的变异分子，如MDM4和FGFR1，可以预测晚期疾病。

7、Nat. Biotechnol. | 利用深度学习从基因转录数据中预测药物疗效 (qq.com)

文章提出了一种基于深度学习的药效预测系统（DLEPS），该系统将药物SMILES分子输入神经网络来拟合药物作用下基因表达谱变化信息，从而预测疾病药物分子，该模型在测试集上的预测效果（Pearson相关系数）达到0.74；并进行了案例分析，即分别预测肥胖、高尿酸血症和非酒精性脂肪性肝炎三种疾病药物分子，随后通过构建小鼠模型验证了系统预测的候选药物的有效性，表明该系统具有通用性，可以预测多种疾病的药物分子。

三、设计与可视化

8、从零开始学Circos绘制圈图（一） (qq.com)

一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq，那就加上热图展现这种变化关系。——生信媛

9、Esperanto - Interviews of creatives from all over the world.[10]

来自法国的明星设计师 Robin Noguie r在 2018 年花了一年时间环游了 16 个国家，每到一个国家就采访一名当地的设计师。所有的采访经历都被收集在了这个叫 Esperanto 的炫酷网站。Esperanto本意是世界语，Robin 通过这个项目表达了设计和创作是不分国界的。本条转载自微博 @许田恬-UX

10、R语言ggplot2扩展包gggenomes绘图展示基因组的共线性区域 (qq.com)

R中的图片注释神包aplot - 简书 (jianshu.com)[11]

这拼图的体验，太酸爽了：

11、XiaoLuo-boy/ggheatmap: ggplot2 version of heatmap (github.com)[12]

结合了ggplot geom_tile 与上面提到的Y 叔的aplot 实现ggplot 对象更加便捷的热图绘制。也是一个不错的ggplot 绘制热图的方便选择哦。

四、科技与生活

12、读研不容易 (qq.com)

非常有意思的漫画：

五、学习资源

13、OSCA单细胞数据分析笔记

14、Harvard Chan Bioinformatics Core系列 (qq.com)

单细胞天地的教程配套笔记：

15、AI大神李沐B站走红！连博导们都在追更，还亲自带你逐段读懂论文，网友：带B站研究生吧 (qq.com)

B站视频地址：1.1 课程介绍【斯坦福21秋季：实用机器学习中文版】_哔哩哔哩_bilibili[14]

相关材料：Syllabus — Practical Machine Learning (d2l.ai)[15]

16、桑格研究所单细胞配套讲义[16]

非常的良心了，还配套了相关的课程：Bioinformatics Training - Available courses (cam.ac.uk)[17]

我是打算听听，你呢，(#^.^#)~

17、(codegym.cc)[18]以游戏的方式学习代码 ：

参考资料

[1]阮一峰的网络日志：科技爱好者周刊: https://github.com/ruanyf/weekly

[2]mugpeng/second_brain: https://github.com/mugpeng/second_brain

[3]issues: https://github.com/mugpeng/second_brain/issues

[4]sourcegraph: https://sourcegraph.com/github.com/mugpeng/second_brain

[5]真相大白：如何根治中式英语？_哔哩哔哩_bilibili: https://www.bilibili.com/video/BV16f4y1C71t?p=1&share_medium=android&share_plat=android&share_session_id=23a80bfd-ba23-42f8-83bb-fa1995861cd9&share_source=COPY&share_tag=s_i&timestamp=1634561069&unique_k=tBjgr1

[6]Zotero（1）：文献管理软件Zotero基础及进阶示范 - 阳志平的网志 (yangzhiping.com): https://www.yangzhiping.com/tech/zotero1.html

[7]Write With Transformer (huggingface.co): https://transformer.huggingface.co/

[8]派评 | 近期值得关注的 App - 少数派 (sspai.com): https://sspai.com/post/69506

[9]搜索进化 SearchEVO(com.jwg.searchEVO) - 1.9.2.1 - 应用 - 酷安 (coolapk.com): https://www.coolapk.com/apk/com.jwg.searchEVO

[10]Esperanto - Interviews of creatives from all over the world.: https://esperanto.design/

[11]R中的图片注释神包aplot - 简书 (jianshu.com): https://www.jianshu.com/p/904166e52ea1

[12]XiaoLuo-boy/ggheatmap: ggplot2 version of heatmap (github.com): https://github.com/XiaoLuo-boy/ggheatmap

[14]1.1 课程介绍【斯坦福21秋季：实用机器学习中文版】_哔哩哔哩_bilibili: https://www.bilibili.com/video/BV13U4y1N7Uo

[15]Syllabus — Practical Machine Learning (d2l.ai): https://c.d2l.ai/stanford-cs329p/syllabus.html#data-collection

[16]桑格研究所单细胞配套讲义: https://scrnaseq-course.cog.sanger.ac.uk/website/introduction-to-single-cell-rna-seq.html

[17]Bioinformatics Training - Available courses (cam.ac.uk): https://training.csx.cam.ac.uk/bioinformatics/search

[18](codegym.cc): https://codegym.cc/welcome/theme