第九期-互联网游荡杂志-1100+转录组工具，你都用过吗？

这里记录一段时间我在互联网上看到的有意思的内容与信息，防止它们在我的脑袋里走丢了。

灵感来自于阮一峰的网络日志：科技爱好者周刊[1]。

本杂志开源（GitHub: mugpeng/second_brain[2]），欢迎提交issues[3]，上传你的所见所闻。亦或对这样的网络杂志提供建议😊。

因为内容比较多的缘故，建议你通过使用sourcegraph[4] 搜索杂志中感兴趣的内容。我写了一篇其用法的简明笔记：好物分享第12弹-用三款软件实现“内容检索自由”

封面图

史上最厚的书[5]

最厚的书不是字典也不是教材，竟然是一本游戏指南：

这么厚的书，都可以站着趴在上面打瞌睡吧~

会思考的乌鸦

其实真正的送别没有长亭古道， 没有劝君更尽一杯酒， 就是在一个和平时一样的清晨， 有的人留在了昨天。——克斯维尔的明天

最近看到B 站上的一个评论，“最后一次看少儿频道的广告的时候也会觉得这是很寻常的一天，时间从来不会跟我们正式的道别，人也一样。” 有感而发。

忽然想到了“一期一遇”这个词，难得一面，世当珍惜：一期一会（日语词语）_百度百科 (baidu.com)[6]

又忽然想到了最近美国接连发生的枪击事件。不禁唏嘘。

你还记得，你的小学/中学/大学 与朋友最后一次见面的场面吗？

一、编程与工具

1、网页版VS Code来了，特斯拉Xbox手机都能用，随时随地写bug (qq.com)

先前写过使用在线工具代码编辑：

https://github.dev/[用户名]/[仓库名]

现在可以直接丝滑的使用vscode 编程了：

2、Johnny学OB (pory.app)[7]

一个非常棒的obsidan 插件汇总网页：

3、谷歌和必应的图片搜索

之前写过一期：互联网游荡杂志-第六期-用渐进和卡片式笔记把知识交给未来的你

其中提到了这两款工具的图片搜索。

但从我最近的体验来看。必应：

谷歌：

而且作为浏览器的edge，即便支持了右键图片的快速搜索，可是指向的全是一个空的图像搜索界面，实在是很难用。

相反google 就用起来舒服很多了。

4、分享笔记 · ShareNote[8]

用锤子便签生成长图来分享文字，非常好看，然而锤子便签只能在手机上生成，反倒是电脑上没有漂亮的文字长图生成工具。@@lvwzhen 基于此做了一款文字生成图片的分享笔记。提供多种主题样式，支持移动端样式和添加头图等显示效果。

5、简书和知乎的文本分享

知乎：

简书：

我觉得这种东西，如果可以开发一套微信小程序，应该会很抢手吧。

6、知识的台阶：12个Zotero上的开放数字图书馆 (qq.com)

其中主要还是一些人文艺术与历史相关的图书：

zotero 是一款超级好用的知识管理工具，你也可以了解一下：好物分享第六弹——让zotero成为你的文献图书馆

二、生信

7、Nat Comm | Salk科学家统计基因突变在癌症中的频率 (qq.com)

研究小组估计，只有11%的癌症发生KRAS突变，低于PIK3CA（13%），略高于BRAF（8%）。TP53是最常见的突变基因（35%），KMT2C、KMT2D和ARID1A是十种最常见的突变驱动基因之一，突出了表观遗传失调在癌症中的作用。此外，作者指出，“对主要癌症亚类的分析强调了对个体癌症驱动因素的不同依赖性。” 当他们分析数据时，他们发现一些普遍的看法是不正确的。例如，KRAS是一种重要的促癌基因，据信它在25%的癌症中发生突变；相反，它被发现只与大约11%的癌症有关。这是一种趋势的一部分，即发现个体基因突变不如以前认为的那么普遍。

8、徐涛/何顺民团队发布"女娲"基因组资源，提供中国人群遗传变异图谱和参考面板

研究团队分析了 2,999 个中国人的全基因组深度测序数据（26.2X），并以中国神话中创造人类的女娲命名。基于NyuWa数据资源，构建了包含7106万SNPs 和819万 InDels的中国人群遗传变异图谱（图2）,并对其进行全面注释。相比其它人群队列，NyuWa数据集包含2501万新的变异，其中包括14.9万非同义变异、10.1万有害变异、11493个编码和非编码基因的功能丧失变异、636个癌症相关基因的蛋白截短变异。大量的新变异表明，在以往的遗传研究中，中国人群的变异代表性不足，NyuWa基因组资源则填补了这一空缺。

"女娲"(NyuWa)中国人群基因组资源库见：Nyuwa Genome Resource (ibp.ac.cn)[9]

9、14+计算方法，分析肿瘤内异质性(ITH)和突变过程！

作者提出了CloneSig，一种从肿瘤样本的整体基因组测序数据中联合推断ITH和估计不同克隆中活跃的突变过程的方法。

10、单细胞转录组工具数据库大全[10]

网站持续追踪了互联网上的scRNA 工具，截止2021-11-19_Fri，足足收录了1104种！

大部分都还是预印本或是发表的状态：

python 和R 还是主力：

三、设计与可视化

10、如何制作一张地铁线路图 - 知乎 (zhihu.com)[11]

现在网上传播的某些深圳和长沙地铁线路图就是这位作者画的，在这个教程中作者演示如何用 Sketch 绘制地铁线。

R

11、绘图技巧 | 双变量映射地图可视化绘制方法 (qq.com)

主要使用的R 包：Bivarite Mapping with ggplot2 • biscale (slu-opengis.github.io)[12]

用于标记的颜色，也可以表示多个维度：

这对于某些含有排序的分类数据来说，或许是不错的选择~

12、base plot出的图，富有时代感！这个包，让你穿越回9102！

节选自Y 叔评价：

虽然我是ggplot2爱好者，但有些ggplot2版本的画图函数实在是不敢恭维，除了可以用themes来改一些细节之外，缺少太多ggplot2的特性，我认为是不能称之为grammar of graphics的。基本上有很多实现还不如原先base plot，而且base plot有大量现成的各种画图函数，涵盖面要比ggplot2多。但是由于base plot的设计比较久远，画出来的图基本上看着像是20年前，不够漂亮，缺少现代化元素。

因为我自己对base 了解并不深入，而ggplot 基本能满足我99% 的需求，而剩下的1% 我也基本可以通过grid 简单实现。

这个包可以让你的基础包图形更现代，暂时算是作为我的了解了：

op = par(mfrow = c(1, 2))  
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)  
plot_p(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)

jumpingrivers/prettyB: Prettified base graphics (github.com)[13]

四、科技与生活

13、强生公司财报分析（上）【公司分析】｜制药行业｜财报分析｜Pharmaceutical｜Johnson & Johnson｜医疗｜生命健康｜_哔哩哔哩_bilibili[14]

各种公司的企业财务分析，通过财务报表看公司长期经营策略，以及行业动态。

作者使用动画和图表的方式，非常的生动形象：

14、中国品牌便利店与日系品牌究竟差哪了?_手机搜狐网 (sohu.com)[15]

当时的数据来源于2016年，比起日式便利店提供餐饮服务，中国便利店还主要以零售为主：

以我现在所在的南京为例，已经越来越能感觉到各种便利店在往生鲜以及半成品或成品食物售卖的模式转换。

五、学习资源

18、Big Book of R[18]一本收藏各种R 书和课程的书。

一共有31个主题 几百本书~

随便感受一下吧~

19、北野茶缸子：R可视化专栏

一个我很看好的小伙写的专栏，持续更新哦~ 比如：60-R可视化-8-用ggsignif做统计分析绘图 (qq.com)

20、Building a Second Brain: An Overview - Forte Labs[19]

一篇教你建立属于自己“第二大脑”的概述。

个人认为与我先前的一篇笔记好物分享第11弹：用渐进和卡片式笔记把知识交给未来的你，其中提及的一些方法，不谋而合。

参考资料

[1]阮一峰的网络日志：科技爱好者周刊: https://github.com/ruanyf/weekly

[2]mugpeng/second_brain: https://github.com/mugpeng/second_brain

[3]issues: https://github.com/mugpeng/second_brain/issues

[4]sourcegraph: https://sourcegraph.com/github.com/mugpeng/second_brain

[5]史上最厚的书: https://twitter.com/JudgeDrokk/status/1424038060501700610

[6]一期一会（日语词语）_百度百科 (baidu.com): https://baike.baidu.com/item/%E4%B8%80%E6%9C%9F%E4%B8%80%E4%BC%9A/85545

[7]Johnny学OB (pory.app): https://ob.pory.app/

[8]分享笔记 · ShareNote: https://sharenote.app/

[9]Nyuwa Genome Resource (ibp.ac.cn): http://bigdata.ibp.ac.cn/NyuWa/

[10]单细胞转录组工具数据库大全: https://www.scrna-tools.org/

[11]如何制作一张地铁线路图 - 知乎 (zhihu.com): https://zhuanlan.zhihu.com/p/23219819

[12]Bivarite Mapping with ggplot2 • biscale (slu-opengis.github.io): https://slu-opengis.github.io/biscale/articles/biscale.html

[13]jumpingrivers/prettyB: Prettified base graphics (github.com): https://github.com/jumpingrivers/prettyB

[14]强生公司财报分析（上）【公司分析】｜制药行业｜财报分析｜Pharmaceutical｜Johnson & Johnson｜医疗｜生命健康｜_哔哩哔哩_bilibili: https://www.bilibili.com/video/BV1x34y1o7R5?p=1&share_medium=android&share_plat=android&share_session_id=dcadb4d1-4097-4f2f-9ff3-9b852ee4d8d4&share_source=WEIXIN&share_tag=s_i&timestamp=1635649883&unique_k=U7HJFU

[15]中国品牌便利店与日系品牌究竟差哪了?_手机搜狐网 (sohu.com): https://m.sohu.com/a/243372674_713550

[18]Big Book of R: https://www.bigbookofr.com/index.html

[19]Building a Second Brain: An Overview - Forte Labs: https://fortelabs.co/blog/basboverview/