12-互联网游荡杂志-试着用一行命令跑通RNAseq下游基础分析
12-互联网游荡杂志-试着用一行命令跑通RNAseq下游基础分析
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这里记录一段时间我在互联网上看到的有意思的内容与信息，防止它们在我的脑袋里走丢了。
灵感来自于阮一峰的网络日志：科技爱好者周刊[1]。
本杂志开源：
- GitHub: mugpeng/second_brain[2]
- Notion: 北野茶缸子的宇宙🐻（更新ing）[3]
欢迎提交issues[4]，上传你的所见所闻。亦或对这样的网络杂志提供建议😊。
因为内容比较多的缘故，建议你通过使用sourcegraph[5] 搜索杂志中感兴趣的内容。我写了一篇其用法的简明笔记：好物分享第12弹-用三款软件实现“内容检索自由”
封面图
澳门本年度的马拉松纪念牌非常有意思，其做成了一个时间转盘，相比于仅仅是保留一份纪念品般的铁牌，现在你可以把你的成绩也一并绑定在铁牌上。就像在抄下了那个冬天，还有你的汗水，和一次回忆。
via[6]
会思考的乌鸦
在第一期中我曾经提到，01-在世界任何地方写代码[7]：
关于问题你是如何解决的呢？是直接寻求专业人士的建议，还是通过工具自行寻求答案。或者，你还有其他的方法吗？
思考问题的熊写了一个群提问艺术，或许对你有所帮助：
还记得我前两天写的吗？[[01-西方现代思想讲义01-从上帝死了，谈谈独立思考]]，对于上面的建议，你有什么思考呢？
一、编程与工具
1、Guidebook | 让工作学习生活更高效！[9]
一个超牛的主页大全：
2、Zotero 和 obsidian 联动，无需 mdnotes、无需导出 markdown 实现阅读注释pdf、原子化笔记、思维导图、pdf 跳转_哔哩哔哩_bilibili[10]
两款优秀的软件联动，双厨狂喜了属于是。不过这里对于pdf 的阅读我还是持保留态度，貌似这个关键插件还是需要付费码的，大家可以尝试一下。
亦或尝试[[15-readpaper一款低调的论文阅读神器]] 中好用的阅读器功能。
二、生信
3、xiayh17/AnnoProbe (github.com)[11]
一个结合了geo 中国镜像下载与探针ID注释转换的R 包：四个GEO分析的万能R包来自大神Jimmy - 简书 (jianshu.com)[12]
4、xiayh17/RNAseqStat: A Pipeline to Process RNAseq Data (github.com)[13]
依旧是生信技能树出品的让你变得越来越懒的R 包：
几乎包办了你的转录组数据分析的全过程。
关于这个包的详细用法，有人写了一篇介绍：一行命令跑通RNAseq下游
ps：我很喜欢这个通路图。
5、scMethBank-single cell Methylation database (cncb.ac.cn)[14]
scMethBank包括了来自人类和小鼠的8328个样本的全基因组单细胞DNA甲基化图谱和原始数据，涵盖15个项目，29种细胞类型和两种疾病。胚胎细胞(11.0%)、癌细胞(14.4%)、生殖细胞(10.7%)、神经细胞(54.5%)、干细胞(7.9%)、其他类型的细胞(2.3%)均被记录在数据库中。生物学背景包括早期胚胎发育、癌症进展、细胞分化和衰老。
下面是一篇中文介绍：数据库|scMethBank：单细胞全基因组 DNA 甲基化图谱数据库 (qq.com)
三、设计与可视化
上一期提了六边形图标的制作，怎么能错过徽章呢？又是y 叔叔的R包：badger
嘻嘻，其实没有使用这个R 包的我，当时制作图标感觉也挺容易的：
7、easylabel (r-project.org)[15]
这以后指哪儿，画哪儿，也太爽了吧。
这里我也写了一篇教程：[[69-R可视化12-用easylabel轻松手动添加标记]]
8、小野电子烟的周边T恤上的图案
我只能说，这设计非常的锤子科技。不由得让我想起了那年春天的海报：
9、听老罗的“相声”之前，再看一遍锤子历年经典广告 - 简书 (jianshu.com)[16]
谁能想到，锤科凉了，锤友官方论坛也没了：
10、一张好玩的可视化图片
可惜的是，flomo 中我忘记保存来源了。
四、科技与生活
11、英伟达又一次突破想象力！一句话实时P图在线Demo可玩，「神笔马良」升级「创世纪」 (qq.com)
真用嘴出图、p图。
在线地址：gaugan.org/gaugan2/?text_input=river+with+mountain[17]
不过我体验了一下，除了交互有点难用以外，出的图的细节上也存在一定问题，不然下面这张图：
五、学习资源
12、哈佛学习资源Introduction to Bioconductor | Harvard University[18]
统计之都做的月读，你可以把它当做一个订阅的月刊，里面分享了每个月和统计或R 有意思的内容。
14、Tidyverse Skills for… by Roger D. Peng et al. [PDF/iPad/Kindle] (leanpub.com)[19]
Roger D. Peng 等人新出了书籍 Tidyverse Skills for Data Science 基于 Tidyverse 工具箱介绍数据导入、数据变换、数据展示和数据建模等做数据科学的全栈技能，是一部宏篇巨作。
可以免费购买该书：
大致浏览了一下，介绍的比较基础，很适合以tidyverse 为语法进行R 数据科学的入门：
本周的杂志就到这里啦，欢迎在issues[20] 留言，上传你的所见所闻。亦或对这样的网络杂志提供建议😊。
参考资料
[1]阮一峰的网络日志：科技爱好者周刊: https://github.com/ruanyf/weekly
[2]mugpeng/second_brain: https://github.com/mugpeng/second_brain
[3]北野茶缸子的宇宙🐻（更新ing）: https://mugpeng.notion.site/ing-ee567bf8525a4c8e807a76d0fb90ba4e
[4]issues: https://github.com/mugpeng/second_brain/issues
[5]sourcegraph: https://sourcegraph.com/github.com/mugpeng/second_brain
[6]via: www.macaomarathon.com
[7]01-在世界任何地方写代码: 01-在世界任何地方写代码.md
[9]Guidebook | 让工作学习生活更高效！: https://nav.guidebook.top/
[10]Zotero 和 obsidian 联动，无需 mdnotes、无需导出 markdown 实现阅读注释pdf、原子化笔记、思维导图、pdf 跳转_哔哩哔哩_bilibili: https://www.bilibili.com/video/BV1Y44y1h7Pe?p=1
[11]xiayh17/AnnoProbe (github.com): https://github.com/xiayh17/AnnoProbe
[12]四个GEO分析的万能R包来自大神Jimmy - 简书 (jianshu.com): https://www.jianshu.com/p/8ffa5b602b9c
[13]xiayh17/RNAseqStat: A Pipeline to Process RNAseq Data (github.com): https://github.com/xiayh17/RNAseqStat
[14]scMethBank-single cell Methylation database (cncb.ac.cn): https://ngdc.cncb.ac.cn/methbank/scm/
[15]easylabel (r-project.org): https://cran.r-project.org/web/packages/easylabel/vignettes/easylabel.html
[16]听老罗的“相声”之前，再看一遍锤子历年经典广告 - 简书 (jianshu.com): https://www.jianshu.com/p/4ee68dc5be00
[17]gaugan.org/gaugan2/?text_input=river+with+mountain: http://gaugan.org/gaugan2/?text_input=river+with+mountain
[18]Introduction to Bioconductor | Harvard University: https://online-learning.harvard.edu/course/data-analysis-life-sciences-5-introduction-bioconductor-annotation-and-analysis-genomes-and?delta=0
[19]Tidyverse Skills for… by Roger D. Peng et al. [PDF/iPad/Kindle] (leanpub.com): https://leanpub.com/tidyverseskillsdatascience/
[20]
issues: https://github.com/mugpeng/second_brain/issues