43. R 数据可视化（一：用R制作漂亮的表格）

北野茶缸子

发布于 2021-12-17 10:48:09

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发布于 2021-12-17 10:48:09

参考：https://www.twblogs.net/a/5c74cddcbd9eee339917b7b2https://towardsdatascience.com/exploring-the-gt-grammar-of-tables-package-in-r-7fff9d0b40cd

前言

想到表格，是不是就是excel，或者直接用ppt 来肝？

R 天然的就有强大的处理数据生成各种表格的能力，岂不美哉？

今天就来学习一下gt 包：

学习网址：https://gt.rstudio.com/

我的目标是画出：

获取内容

其实也就是标准的数据框格式。

需要注意的是，当导入gt 中绘制表格时，会忽略掉行名与列名。

开始操作

0.基本表格

加载相关包。尝试直接用gt 获得最基本的图表：

library(gt)
library(tidyverse)
library(glue)

gt(gt_data)

image.png

1. 添加行名的标签

也就是：

可以直接在gt 函数中指定rowname_col：ps：其中的行的组别可以用参数groupname_col 特别指定，也可以使用重复的名称，直接给rowname_col 指定多个值。

gt_tbl <- gt_data %>%
  gt(rowname_col = "names", "group_label")

image.png

2. 头部信息

tab_header 可以添加头信息，其中title 与subtitle 分别对应标题和子标题：

gt_tbl <-
  gt_tbl %>%
  tab_header(
    title = md("**Comparison of genomic alterations**"),
    subtitle = md("between *BRCA1/2* mutation carriers and non-carriers Among different prognostic variables")
  )
gt_tbl

这里使用md() 可以在文本内容中支持md 语法：

3. 添加分组和行的标签名（stubhead label）

使用tab_spanner 函数添加分组，label 指定分组名，columns指定同一分组的多个列。需要使用vars 选定这些列名：

gt_tbl <- 
  gt_tbl %>%
  tab_spanner(
    label = "BRCA1",
    columns = vars(`carrier(N=17)`, `non-carrier(N=262)`, `P-value-1`)
  ) %>%
  tab_spanner(
    label = "BRCA2",
    columns = vars(`carrier(N=7)`, `non-carrier(N=272)`, `P-value-2`)
  ) %>%
  tab_stubhead(label = md("**Variables**"))
gt_tbl

image.png

4. 修改文本字体位置

gt_tbl <- 
  gt_tbl %>%
  tab_style(
    style = list(
      cell_text(font = "Oswald",
                align = "center",
                weight = "bold")
    ),
    locations = list(
      cells_data(everything())
    )
    )

使用tab_style 命令调整，其中style 指定文本风格，locations 指定文本设定的位置（标题、数据、信息框等等），比如cells_data 就是指定body cell的：

效果如下：

我们还可以指定某个cell 以突出其中内容：

## 设置字体
gt_tbl <- 
  gt_tbl %>%
  tab_style(
    style = list(
      cell_text(
                weight = "bold"
                ),
      cell_fill(color = "#F9E3D6")
    ),
    cells_body(
      columns = vars(`P-value-1`),
      rows = `P-value-1` <= 0.05)
    )
gt_tbl

image.png

5. 给表格增加一个背景色

tab_options 函数是专门用来调节列表的输出内容的，这里不多赘述，只用来添加背景色：

## 设置背景
gt_tbl %>% 
  tab_options(
    table.background.color = "lightcyan"
  )

image.png

6. 合并重复数值

在我的图表中，对应的P 值是重复的，不太好看：

这里我直接在edit 中手动将重复的删除（你也可以写代码），就会产生NA 值。

接着使用fmt_missing 函数，便可以实现替换缺失值：

## 去除NA 值
gt_tbl <- gt_tbl %>%
  fmt_missing(
    columns = TRUE,
    missing_text = ""
  )
gt_tbl

当然我这里是“曲线修改”了，如果可以像excel中直接合并单元格是更好的了。

7. 表格的输出

可以用gtsave 直接保存为多种类型的数据：

html

gt_tbl %>% gtsave("tab_1.html")

PNG&PDF

# tab_1 %>% gtsave("tab_1.png", zoom = 2.5, expand = 10)
# tab_1 %>% gtsave("tab_1.pdf", path = "~")