69-R可视化12-用easylabel轻松手动添加标记

参考：

• easylabel (r-project.org)[1]

前言

先前我介绍过ggrepel 这个包：[[67-R可视化11-用ggrepel更加美观的添加标记（火山图的实现）]]

其实现的文本标记更加美观，且个性化程度远远优于：[[66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）]]

那么我们可不可以直接指哪打哪，连代码都不用呢？

基于shiny 的easylabel 包或许是你的选择。

这里我以火山图为例。

1-准备工作

加载包、制作假数据：

my_packages<- c("RColorBrewer", "paletteer", "ggplot2",
                "ggpubr", "tidyverse", "ggrepel", "devout",
                "ggforce", "easylabel")
tmp <- sapply(my_packages, function(x) library(x, character.only = T)); rm(tmp, my_packages)

# make fake data
DEG <- data.frame(
  genes = paste0("gene", 1:100),
  fold_change = round(runif(100, -10, 10), 2),
  P_value = runif(100, 0.001, 0.1)
)
DEG$group <-  ifelse((DEG$P_value > 0.05) | (abs(DEG$fold_change) < 2) , "no-Significant",
                     ifelse(DEG$fold_change > 2, "increase", "decrease"))
DEG$group <- factor(DEG$group, levels = c("decrease", "no-Significant", 
                                          "increase"))
sig_DEG <- DEG[!DEG$group %in% "no-Significant",]

2-直接操作easylabel

开始我以为，这个包会像ggthemeassistant 一样，直接操作绘图对象p，直接修改代码，更加方便且个性化。

没想到，它是需要直接以数据框操作的。

这里因为以火山图为例，先使用火山图绘图函数easyVolcano ：需要注意这里的数据框的行名需要是基因名

# 开始之前修改一下数据框
DEG$new_P <- -log10(DEG$P_value)
easylabel(DEG)
rownames(DEG) <- DEG$genes

easyVolcano(DEG, x = "fold_change", 
            y = "P_value",
            fccut = 1, fdrcutoff = 0.05,
            ylim = c(0, 6), xlim = c(-5, 5),
            colScheme = colScheme,
            vline = c(-1, 1))

这里参数分别表示：

• fccut 是fold change 阈值，也是x轴；
• fdrcutoff 是P 的阈值，也是y轴；
• ylim 是整个坐标轴y 的边界范围；
• xlim 同上，超过这两个边界的点会被标记为outlier;
• colScheme 为指定的颜色版;
• vline 标记y 轴线段，用于分割结果，类似之前的geom_hline 操作；

接下来我们就可以在shiny 中交互添加了：

在shiny 界面，你还可以对标签的位置进行个性化设置：

此外，除了在图上标记，还有一个非常有意思的筛选框，你可以通过输入基因名的方式标记：

还有一个非常简单的shiny 数据模块：

3-导出结果

官方支持多种导出格式：

这里我尝试直接pdf：

你们觉得好看吗？

4-拓展内容

其实不止这一个函数，官方提供了：

等多个例子。

直接参考：easylabel (r-project.org)[2] 官方教程啦。

个人觉得，如果这个包可以直接给出绘图代码就好了，或者直接操作ggplot 对象，毕竟我对这种封装的美观体验，还是有要求的，你怎么知道你的绘图代码就能让我满意呢？

不过话说回来，这个包的一些绘图细节，比如火山图，还蛮值得学习的：

比如这个的小操作，还是蛮对我胃口的：

参考资料

[1]easylabel (r-project.org): https://cran.r-project.org/web/packages/easylabel/vignettes/easylabel.html

[2]easylabel (r-project.org): https://cran.r-project.org/web/packages/easylabel/vignettes/easylabel.html