51-R茶话会 （十一：论如何规范化命名文件）

• Ref Author : crazyhottommy
• Ref Links : crazyhottommy/getting-started-with-genomics-tools-and-resources: Unix, R and python tools for genomics and data science (github.com)[1]

之前我们说了文件搜索：

好物分享第12弹-用三款软件实现“内容检索自由”

西卡西啊，如果你的文件起的跟NO 里的一样憋屈，这再智能也爱莫能助啊：

ps：除非你真的记得自己文件内容的信息，也是可以的。毕竟搜索工具是支持超级强大的内容搜索的。

作者干货非常多，其中一个部分写了文件命名的问题。

• 一些要点：
  • 在文件名开头标记一些数字；
  • 如果文件名需要记录时间，使用ISO 8601 标准：YYYY-MM-DD；
  • 使用数字时统一位数，需要补位时，使用零填充。
  • 要让机器能够“看懂”，一般只选择- ，_ 等；
  • 要让人类也可以看懂，用好上述的- ，_ 分割主要信息；
  • 文件名不要包含太多特殊字符，以及空格；
  • 让命名遵循以下顺序：

我的一些经验：

• 文件夹的命名习惯：aXX_20XX-XX-XX_XXXX，开头是项目编号，中间是日期，末尾是项目描述，比如：A01_2021-11-01_哈佛外显子
• 脚本的命名习惯：01_xxx，比如：01_Packages-Preparation.R
• 输入与输出文件的命名习惯：XX_20XX-XX-XX_XXXX，比如hs001_2021-11-01_Mouse-Blood.csv

不知道你有没有发现一个规律：对于内容不同的结构分隔，我使用_，而对于文本的内容分隔，使用-。

这样的好处就是我们甚至还可以把文件整理成一个表格，借助一款酷酷的R 包HenrikBengtsson/dirdf: R package: dirdf - Extracts Metadata from Directory and File Names (github.com)[2]：

ps：不知道你发现没有，我的公众号命名其实也挺乱的。其实我也在一直努力改善啦~

拓展阅读：How to name files - Speaker Deck[3]

【元数据文件命名法】规范性文件命名系统，不再为文件命名发愁 - 少数派 (sspai.com)[4]

参考资料

[1]crazyhottommy/getting-started-with-genomics-tools-and-resources: Unix, R and python tools for genomics and data science (github.com): https://github.com/crazyhottommy/getting-started-with-genomics-tools-and-resources

[2]HenrikBengtsson/dirdf: R package: dirdf - Extracts Metadata from Directory and File Names (github.com): https://github.com/HenrikBengtsson/dirdf

[3]How to name files - Speaker Deck: https://speakerdeck.com/jennybc/how-to-name-files?slide=17

[4]【元数据文件命名法】规范性文件命名系统，不再为文件命名发愁 - 少数派 (sspai.com): https://sspai.com/post/69524