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文章题目:Co-varying neighborhood analysis identifies cell populations associated with phenotypes of interest from single-cell transcriptomics 日期:2021-10-21 期刊:nature biotechnology 链接:https://www.nature.com/articles/s41587-021-01066-4
我们一般进行细胞分群时会进行降维聚类,这个方法也是为了分群,但它认为聚类的方法一般需要假设数据很好地捕获到生物信息,而且聚类的方法一般都需要反复调整聚类参数(比如resolution)。这个方法的核心是”邻域“(定义是very small regions in transcriptional space),再根据不同样本中邻域的共同特性去整合数据。
下面这个图展示的非常明白: