最近看到了:多个组织的成纤维细胞图谱 的介绍,挺有意思的, 这样的思路完全可以任意扩展开来啊,多个组织的多种细胞亚群都是可以比较,甚至迁移到多个物种啊,如果多物种的单细胞数据集存在的话!
然后我确实搜索了一下, 这样的研究已经是很多了,比如多个物种的肾脏部位巨噬细胞比较,发表它的文章J Am Soc Nephrol. 2019 May;标题是:《Single-Cell RNA Sequencing Identifies Candidate Renal Resident Macrophage Gene Expression Signatures across Species》,测序数据是公开可以获取的,GSE128993. 这个研究跨越四个物种,如下所示:
GPL18573 Illumina NextSeq 500 (Homo sapiens)
GPL19057 Illumina NextSeq 500 (Mus musculus)
GPL20084 Illumina NextSeq 500 (Rattus norvegicus)
GPL20983 Illumina NextSeq 500 (Sus scrofa)
而且还采纳了两个主流单细胞测序技术平台:
GSE128991 Identification of renal resident macrophages across species [C1]
GSE128992 Identification of renal resident macrophages across species [10X]
给出来的表达矩阵文件似乎是有点小:
GSM3689774_human_10X_matrix.txt.gz 3.9 Mb
GSM3689775_pig_10X_matrix.txt.gz 6.2 Mb
GSM3689776_mouse_10X_matrix.txt.gz 4.1 Mb
GSM3689777_rat_10X_matrix.txt.gz 5.5 Mb
大家可能是需要首先下载每个文件,独立走单细胞的降维聚类分群流程,因为不同物种的基因名字不一样哦。因为都是肾脏部位巨噬细胞,所以理论上标记基因是有一定程度的保守性的啦。
文章里面主要的关于单细胞转录组数据层面的描述:
附件信息非常详实:
是一篇很不错的数据分析范文!
同样的道理,是不是可以做脑部区域的巨噬细胞(小胶质细胞)的跨物种比较呢?或者,T细胞,B细胞?
学徒作业:完成 GSE128993. 里面的4个文件各自独立的单细胞流程,降维聚类分群即可!