BrainBase | 脑部疾病综合性数据库

之前介绍过一些关于生物学某一个方面的综合性数据库，例如 [[SNP是什么东西？#SNP 数据库]] 以及 [[Mesh-主题词查询数据库]]。在这些数据库里面可以分析多个不同的疾病和这个生物学特征的关系。那既然有这样的数据库。反过来也就会有某一个疾病和多个生物学特征关系的数据库。其中就有比如 [[malacards-疾病相关信息查询数据库]] 这样综合性疾病查询的数据库。今天来介绍一个和脑部疾病有关的综合性数据库 : BrainBase: https://ngdc.cncb.ac.cn/brainbase/index

背景数据集介绍

BrainBase 是集中分析疾病-基因相关性，药物-靶点相互作用以及多组学分析的数据库。

首先通过 BrainBase 利用 2768 篇发表的文献以及 8 个公共数据库来收集和脑部疾病相关的信息来了解以往的研究情况。同时通过 5 个药物相互数据库 ( ChEMBL, DrugBank , CMap , PharmGKB and CTD) 来收集多个脑部疾病和药物的关系。

进一步，高通量测序的结果可以发现一些没有研究的结果。因此 BrainBase 又纳入了 GEO TCGA, GTEx, HPA , Ivy GAP and CGGA 在内的多个高通量测序的结果。利用这些测序数据，最终来确定脑部特征性表达基因以及和胶质瘤特征性的基因。

数据库使用

在 BrainBase 当中只需要输入想要查询的基因/疾病即可。例如这里输入TP53基因。

结果结果主要包括：总结，疾病相关，药物相关，相关基因，胶质瘤组学特征以及胶质瘤的组学表达特征

其中在胶质瘤组学特征里面收集了和TP53有关的文献信息，例如 TP53 的分子特征，调控信息以及实验检测结果

同时在胶质瘤表达特征当中则是通过 TCGA/GETx 来分析多组学的表达特征 (基因组，转录组以及表观遗传组)。

总的来说

以上就是 BrainBase 的主要内容。随着公共数据的增多一些基于某一类疾病的数据库也是一种新的数据库方式。这类的数据库可以快速的了解某一个方面的全部信息。至于 BrainBase 而言，目前来说高通量表达数据只包括了类似胶质瘤这个方面的。其他疾病的虽然没有 TCGA 那么容易获得。但是也可以在 GEO 里面查到的。希望在 2.0 版本包括其他疾病的表达情况吧。