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20210106 14:24 (因为教程具有时效性,必须指明写作时间哦!)
我自己的笔记主要是参考官方文档:Submitting high-throughput sequence data to GEOHow to upload files to GEO以及我师兄给我写的教程
大致的流程从网站上截取下来的
准备的数据有三个 There are three required components for the spreadsheet-based submission method:
数据准备完之后就是需要上传这些数据到GEO ftp 上,这个过程比较麻烦,GEO 的服务器真的是不太好用,速度很慢。
有几个方案可以选择:
这个方法缺点在于文件会中断,你每次中断之后需要续传真的很麻烦,而且有时候会出现 读取目录失败 连接被服务器关闭等问题 第一次登陆时也出现这个问题真的是百度了很久没有解决 后来到官网一看 原来人家早已经想到这个问题了真的是血的教训要好好看官网教程 但是后来还是会时常连接中断 感觉是geo ftp 不太稳定
大致是会出现这个问题 之后按他们说的方法就可以解决问题了 我用FileZilla传完数据,但是不知道是不是因为续传的原因只有一个数据是完整的 其他数据geo 工作者说是corrupted 然后我看了geo 服务器上的数据和本地服务器上的数据是一样的 并不知道为什么他们说不一样 难过
1.Using 'lftp'
lftp ftp://geoftp:rebUzyi1@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov
cd uploads/your_personal_space
mirror -R Folder_with_submission_files
2.Using 'sftp' (expect slower transfer speeds since this method encrypts on-the-fly)
sftp geoftp@sftp-private.ncbi.nlm.nih.gov
password: rebUzyi1
cd uploads/.../
mkdir new_geo_submission
cd new_geo_submission
put file_name
3.Using 'ncftpput' (transfers from the command-line without entering an interactive shell) 这个方法是可以挂在后台跑的就是挂在自己服务器上跑 让它自己慢慢传就是速度真的很慢啊 最后一个还是比较方便一点
ncftpput -F -R -z -u geoftp -p "rebUzyi1" ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov ./uploads/.../ ./local_dir_path
local_dir_path: path to the local submission directory you are transferring to your personalized upload space
-F to use passive (PASV) data connection
-z is for resuming upload if a file upload gets interrupted
-R to recursively upload an entire directory/tree
# 具体的例子
ncftpput -F -R -z -u geoftp -p "rebUzyi1" ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov ./uploads/.../geo_submission_January6/ /home/.../geo_submission_december16/*