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基因表达热图聚类并增加行列注释

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生信宝典
发布2022-01-18 19:38:51
9210
发布2022-01-18 19:38:51
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文章被收录于专栏:生信宝典生信宝典

聚个类,可能模式更清晰一些。聚类参数有很多,如下图:按行聚类、按列聚类、行列聚类,聚类方法是什么,距离矩阵算法选哪个,我们提供了21种聚类算法,有通用的,有特异用于菌群数据的。

在我们打开聚类之前,这些参数都是禁用状态。这是一个特有设计。在ImageGP中很多依赖性参数都是这么设置的,主要用途就是避免选错、减少选择的慌乱性。参数很多,如果不可选,说明你用不上,也就忽略就好。

我们选择层级聚类Hierachical cluster行列聚类Column & Row,其它都默认。(选择聚类后,参数不再是灰色蒙版,而是可调了)

提交后获得结果

换一种距离计算算法,默认是Pearson,换成Spearman,换成欧式距离。

提交后获得结果(会对聚类模式有一些影响)

设置不同的距离矩阵和聚类方式可以尝试获得不同的聚类图。聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序?也可以帮你更精确控制聚类顺序(在不改变聚类层级结构的基础上)

增加列注释(也可同时或单独增加行注释)

数据格式和内容如下。

代码语言:javascript
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ID    conditions    individual    sizeFactor    SV1    SV2    SV3
untrt_N61311    untrt    N61311    1.021132476    -0.101    -0.494    -0.316
untrt_N052611    untrt    N052611    1.180398615    0.018    -0.170    0.588
untrt_N080611    untrt    N080611    1.179608275    -0.429    0.376    -0.089
untrt_N061011    untrt    N061011    0.923264178    0.535    0.241    -0.176
trt_N61311    trt    N61311    0.893927524    -0.125    -0.496    -0.366
trt_N052611    trt    N052611    0.670922884    0.036    -0.151    0.591
trt_N080611    trt    N080611    1.396766501    -0.467    0.441    -0.070
trt_N061011    trt    N061011    0.946230699    0.533    0.253    -0.162

既然是列注释,那么这个文件就得根表达矩阵的列名字有关系,不然怎么匹配起来呢?

先看一个错误的例子,我们把这个数据粘贴到行注释处 Paste row annotation matrix,看看有什么问题?

给我们弹出了一个提示错误:Paste main heatmap data to text area的第一列不等于Paste row annotation matrix (first column must match first column of data matrix)的第一列。是说数据不匹配。如果您以后也遇到同样问题,就要好好看下是不是粘贴错位置了。

没问题了,点击提交去看看结果

结果出来了,列注释加上了。不过图例没显示全,目前的策略只能是加大图片高度或下载PDF格式用Adobe Illustrator等软件修改。后续我们修复下,看是否可以多列显示图例。

测试数据获取:https://gitee.com/ct5869/bic

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原始发表:2021-05-05,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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