首页
学习
活动
专区
圈层
工具
发布
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
MCP广场
社区首页 >专栏 >无代码调整聚类热图分支顺序

无代码调整聚类热图分支顺序

作者头像
生信宝典
发布2022-01-18 19:39:43
发布2022-01-18 19:39:43
90700
代码可运行
举报
文章被收录于专栏:生信宝典生信宝典
运行总次数:0
代码可运行

聚类热图根据不同的聚类算法和距离计算方式,获得的热图分支结构会有一些不同。有时,我们也希望能在不改变分支结构的基础上,对热图分支的顺序进行一些调整,这就是推文聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序?的出发点。

现在这个功能也搬到了BIC平台,具体怎么做呢?

采用之前的绘图数据

采用默认的绘图参数

出来一个热图,看着还不错

现在我们想调整下列的顺序,习惯上对照组在前,处理组在后,我们加一列权重信息,在不影响层级聚类结构的基础上 (层级聚类中,哪两个/两组样品在同一分支下是不可以改变的,但同一分支下的两个/两组样品谁在左、谁在右是没关系的),权重大的列排在左侧,权重小的列排在右侧。

colWright列下,加了权重信息。

代码语言:javascript
代码运行次数:0
运行
复制
ID    conditions    individual    SV1    ColWeight
untrt_N61311    untrt    N61311    -0.101    80
untrt_N052611    untrt    N052611    0.018    100
untrt_N080611    untrt    N080611    -0.429    70
untrt_N061011    untrt    N061011    0.535    90
trt_N61311    trt    N61311    -0.125    40
trt_N052611    trt    N052611    0.036    60
trt_N080611    trt    N080611    -0.467    70
trt_N061011    trt    N061011    0.533    50

我们希望排序顺序为:

代码语言:javascript
代码运行次数:0
运行
复制
untrt_N052611
untrt_N061011
untrt_N61311
untrt_N080611
trt_N080611
trt_N052611
trt_N061011
trt_N61311

拷贝数据、设置参数,主要是

  1. Column used for reorder row cluster branches: 选择哪一列作为行聚类排序的权重列
  2. Column used for reorder column cluster branches: 选择哪一列作为列聚类排序的权重列
  3. Exclude order variable from row annotation: 这一列有时是自己编的值,只是拿来美化图,而不希望展示,可以通过该参数隐去
  4. Exclude order variable from column annotation: 这一列有时是自己编的值,只是拿来美化图,而不希望展示,可以通过该参数隐去

提交后获得结果,顺序如我们期望。

调整时如果未达到预期效果,首先看下是不是你想要的顺序改变了分支结构;如果没有改变结构但却依然无效果,则可以尝试加大不同样品权重的差距,获得预期的排序效果。

这是其中一种调整分支顺序的方式,在文章聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序?还提供了很多种其它排序方式可供参考和使用。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2021-05-07,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 生信宝典 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档