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UCSCXenaShiny 1.0 beta 版本发布

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王诗翔呀
发布2022-01-21 08:54:07
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发布2022-01-21 08:54:07
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文章被收录于专栏:优雅R优雅R

UCSCXenaShiny 是我 19 年通过 Openbiox 发起的项目(地址:https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny,点击原文),用于下载和分析著名癌症数据库 UCSC Xena https://xenabrowser.net/datapages/。最近和小伙伴进行了大量的重构和更新。

它既是一个 R 包,也是一个 Shiny 应用。我们以 Shiny 应用为主,这样可以将分析功能提供给无任何编程经验的用户。本次集中式开发特别感谢团队成员熊逸和赵龙飞,也感谢团队参与其他贡献和讨论的成员。

此次属于重大更新,相比于 CRAN 发布的版本,页面、功能均发生了巨大的改变。欢迎感兴趣的读者朋友们安装使用!

目前我们发布 1.0 的 beta 测试版本(功能基本不再增加,但可能存在一些开发中难以发现问题),欢迎👏使用并在 GitHub issue 中 https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny/issues 进行反馈。

安装

代码语言:javascript
复制
# 国内
remotes::install_git("https://gitee.com/XenaShiny/UCSCXenaShiny")
# 国外
remotes::install_github("openbiox/XenaShiny")

启动:

代码语言:javascript
复制
library(UCSCXenaShiny)
app_run()

启动过程也会下载安装很多依赖包,请耐心等待,如果网络不好请切换 CRAN 镜像。如果你想尝试在线使用,上 Hiplot 平台 https://hiplot.com.cn/,搜索 Xena。

重要功能预览

数据集筛选与下载

通用分析

该功能支持 UCSC Xena 任意符合分析要求的数据集!目前有 4 个模块,分别用于 2 变量相关、多变量相关、分组比较和生存分析。

诸多泛癌分析功能模块

下面是一些截图:

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2021-04-29,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 优雅R 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

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