R tips：调整ggplot2的坐标轴或legend的label长度

clusterProfiler包用于富集分析和可视化是非常好用的，语法简洁而统一。

但是使用clusterProfiler包进行富集分析并绘图有时会遇到一个情况：一个富集分析的Terms的长度太长，会导致图片的轴标题或者legend很长，就会压缩了主绘图区域的显示。

一个示意图如下图所示，其实此图中的GO Terms长度相对是可以接受，实际情况下可能会遇到非常长的GO Terms，导致整个图的比例非常失调。

如果可以按照一定的长度折叠过长的GO Terms的话，那么这个问题就能得到解决了。

library(tidyverse)
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
data(geneList, package="DOSE")

gene <- names(geneList)[abs(geneList) > 2]
ego <- enrichGO(gene          = gene,
                universe      = names(geneList),
                OrgDb         = org.Hs.eg.db,
                ont           = "BP",
                pAdjustMethod = "BH",
                pvalueCutoff  = 0.01,
                qvalueCutoff  = 0.05,
                readable      = TRUE)
dotplot(ego)

scale函数处理坐标轴标题

由于dotplot绘图的图像是一个ggplot2对象，其实使用scale系列函数就可以达到目的。

对y轴标题进行操作，则使用scale_y系列函数，由于y是离散变量，因此使用scale_y_discrete函数，相应的如果y轴是连续变量，比如此时的x轴，就使用scale_x_continuous函数调整。

labels参数是控制的轴标题的显示，这个参数可以接受一个函数，函数接受原来的labels，然后返回修改过的labels。

除了labels，breaks、limits等参数也可以接受函数作为实参。

有的时候，ggplot2图是经过坐标轴变换的，如使用coord_flip进行x、y轴反转。此时竖直的坐标轴实际上是x轴，需要使用scale_x系列函数控制。

dotplot(ego) + scale_y_discrete(labels = function(x) str_wrap(x, width = 40) )

scale函数处理legend

考虑一个相对复杂的情况，有些时候过长的labels是出现在legend中，而且str_wrap只在有空格的地方才会折叠，那么一个很长的没有空格的字符串需要如何处理才能折叠？

首先在legend中也是同样的处理，只不过根据此legend映射的美学不同而选择不同scale函数：如scale_color、scale_fill、scale_size等等。而对于过长的字符串，可以考虑手动截断，比如：

iris %>% mutate(Species = fct_recode(Species, setosasetosasetosasetosasetosa = "setosa")) %>%
  ggplot(aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length, color = Species)) + geom_point() +
  scale_color_discrete(labels = function(x)  str_replace(x, "(.{20})", "\\1\n") )

legend是映射的color，则使用scale_color系列函数。

由于其中一个label是setosasetosasetosasetosasetosa，中间没有空格，所以使用str_wrap函数也不会有效果，此时可以使用str_replace函数进行正则替换，(.{20})代表任意20个任意字符，由于匹配默认从字符串前面开始，所以可以不指定开头锚定符，指定的话就是(^.{20})，替换为\\1\n，\\1代表前面匹配到的字符串，\n代表添加一个换行。

另外clusterProfiler里面有一个legend过长的情况，是不能简单的使用scale_color_discrete的，如下：

cnetplot(ego, colorEdge = TRUE, circular = TRUE)

这个图直接使用scale_color_discrete进行修改是不会有任何改变的，因为这个图的color映射并不是ggplot2的默认情况，而是使用ggraph的geom_edge图层定义的，需要使用ggraph特别定义的一个scale函数：

cnetplot(ego, colorEdge = TRUE, circular = TRUE) + 
  ggraph::scale_edge_color_discrete(labels = function(x) str_wrap(x, 30) )