LINCS: 外部处理因素对基因表达影响数据集介绍

对于转录组的数据分析而言，我们经常对于某一个疾病和正常的分组可以进行差异表达分析，来了解说具体影响疾病的基因是那些。然后的话，常规的分析思路是是对这些基因进行富集分析，来观察这些基因主要是影响什么样的基因功能来导致疾病 的发生的。

从临床的角度而言的话，我们来研究一个疾病的话，主要还是想知道用什么方式来治疗这个疾病的。基于这个目的，也就有了我们今天要介绍的LINCS(Library of Integrated Network-Based Cellular Signatures,)这个项目了。

在这个项目当中主要是收集了各种干扰剂(药物、化学物质等等)对于细胞表达影响的数据集。通过这些数据集来研究就可以研究这个我们之前疾病当中的基因收到那些干扰剂的影响了。

LINCS内容介绍

关于LNICS项目当中包括那些数据。我们可以在LINCS Data Portal(http://lincsportal.ccs.miami.edu/dcic-portal)。这个数据库当中去查询。

在这个里面，我们可以看到LINCS里面包括了413个数据集。在LINCS当中，搜集了各种各样的检测方式的数据。其中就包括ELISA, L1000, RNA-seq这些的。

同时，我们点击相对应的方法，还能获得这些方法的简单描述。这个对于我们了解一些检测方法也是很有必要的。比如下面这个KINOMEscan。就图文并茂的。

LINCS分析数据库介绍

既然LINCS包括了那么多的数据。那么，相对应的就会有基于项目的在线的分析数据库。在LINCS Tools Marketplace(https://lincsproject.org/LINCS/tools)当中。就包括了可以分析LINCS的数据库。

在图中可以发现。里面就包括了Enrichr这个经典的，包括了133个数据库的富集分析网站。

以上就是关于LINCS这个项目的简单的介绍了。在我们得到某一个分组相关的差异基因之后，在治疗方面可以考虑使用这个项目来寻找可能的物质的哈。