使用fasterq-dump命令将sra格式数据转换为fastq格式遇到的问题

从NCBI下载了一些转录组数据，这里用到的下载工具是kingfisher ,github的链接是 https://github.com/wwood/kingfisher-download

下载方法选的是aws-http （下载速度超级快）

默认会将sra格式转换为fastq格式，使用到的工具是fasterq-dump这个工具，试了几次一直遇到报错，所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra

想的是后续再单独转成fastq格式

下载完成后转化fastq格式还是有问题，使用fasterq-dump命令有时候可以成功，但是有时候就会卡住，卡住后按ctrl+c命令也不能退出，只能关掉窗口重新链接服务器,

以fasterq-dump in cluster为关键词搜索，找到了一些关于这个问题的讨论

• https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/161
• https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/463

大家的问题基本都是一样的 计算机集群，slurm这个命令提交系统 BeeGFS 这个存储系统

和我的硬件情况一样

没有找到解决办法，找到了一个替代办法是使用 parallel-fastq-dump

github链接 https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump

需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量

使用到的命令是

parallel-fastq-dump --threads 12 --outdir ./ --split-files -s SRR5187763.sra -T tmp/

如果sra文件已经下载好了，-s参数后指定的内容就是文件名，如果没有下载就指定 SRR5187763 不带后缀名sra

文件下载好以后转换起来还是相当快的

大家如果遇到这个问题也可以试试这个替代方案