换新电脑很久了,发现自己居然就使用了Rstudio,配置了R语言相关环境,其余的都是直接登陆自己的Linux服务器做ngs数据分析,尤其是单细胞。但是写教程的时候,发现自己没有conda,默认的Python版本也太低了,很多教程都没办法复现。
打开conda官方网站,查看版本和下载链接:https://repo.anaconda.com/miniconda/
安装conda的方法代码如下:
# 首先下载文件,20M/S的话需要几秒钟即可
cd
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
# 接下来使用bash命令来运行我们下载的文件,记得是一路yes下去
bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
# 安装成功后需要更新系统环境变量文件
# source ~/.bashrc
source .zshrc
还是蛮简单的,一般来说,在中国大陆需要合理的设置镜像,方便下载。
这个最新版,默认安装的软件也是很新:
## Package Plan ##
environment location: /Users/jmzeng/miniconda3
added / updated specs:
- pip==21.1.3=py39hecd8cb5_0
- pycosat==0.6.3=py39h9ed2024_0
- pycparser==2.20=py_2
- pyopenssl==20.0.1=pyhd3eb1b0_1
- pysocks==1.7.1=py39hecd8cb5_0
- python.app==3=py39h9ed2024_0
- python==3.9.5=h88f2d9e_3
我自己的镜像代码如下所示:
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
我的Mac系统自带Python版本是:
/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Resources/Python.app/Contents/MacOS/Python
现在的Python版本路径和版本是:
which python
/Users/jmzeng/miniconda3/bin/python
python --version
Python 3.9.5
再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过,我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化,以及基于Linux的NGS数据处理:
Linux的6个阶段也跨越过去 ,一般来说,每个阶段都需要至少一天以上的学习:
如果你确实觉得我的教程对你的科研课题有帮助,让你茅塞顿开,或者说你的课题大量使用我的技能,烦请日后在发表自己的成果的时候,加上一个简短的致谢,如下所示:
We thank Dr.Jianming Zeng(University of Macau), and all the members of his bioinformatics team, biotrainee, for generously sharing their experience and codes.
十年后我环游世界各地的高校以及科研院所(当然包括中国大陆)的时候,如果有这样的情谊,我会优先见你。