我们以前分享的神经退行性疾病单细胞数据集,是发表于2020的文献《Single-nucleus transcriptome analysis reveals dysregulation of angiogenic endothelial cells and neuroprotective glia in Alzheimer's disease.》,通过学习,我们整理了这样的基因列表:
astrocytes = c("AQP4", "ADGRV1", "GPC5", "RYR3")
endothelial = c("CLDN5", "ABCB1", "EBF1")
excitatory = c("CAMK2A", "CBLN2", "LDB2")
inhibitory = c("GAD1", "LHFPL3", "PCDH15")
microglia = c("C3", "LRMDA", "DOCK8")
oligodendrocytes = c("MBP", "PLP1", "ST18")
OPC='Tnr,Igsf21,Neu4,Gpr17'
Ependymal='Cfap126,Fam183b,Tmem212,pifo,Tekt1,Dnah12'
pericyte=c( 'DCN', 'LUM', 'GSN' ,'FGF7','MME', 'ACTA2','RGS5')
其数据集是, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE157827 ,大家很容易自己进行降维聚类分群然后检验我们的列表。可以参考前面的例子:人人都能学会的单细胞聚类分群注释 ,我们演示了第一层次的分群。如果你对单细胞数据分析还没有基础认知:
其实这样的基因列表在很多脑部相关单细胞研究都有,我们十一月份的单细胞训练营小伙伴也给出来了他自己的整理 :
两个 脑部单细胞数据集的特异性 基因
可以看到,不同文章对同一个单细胞亚群给出来的标记基因往往是可以互补的!
恰好最近我看到了文献《Single-cell sequencing of human midbrain reveals glial activation and a Parkinson-specific neuronal state》,也有自己的不同脑部单细胞亚群,以及其特异性基因,如下所示;
Oligodendrocytes MOBP
Oligodendrocyte precursor cells (OPCs) highly express VCAN
Expression of AQP4 was characteristic for astrocytes
FOXJ1 for ependymal cells
CD74 in microglia ,
CLDN5 in endothelial cells,
GFRB in pericytes
# 下面是4种神经细胞
excitatory (SLC17A6),
inhibitory (GAD2),
GABAergic (GAD2/GRIK1),
dopaminergic neurons(TH)
如下所示,还是蛮清晰的 :
清晰的基因列表
这个 文献《Single-cell sequencing of human midbrain reveals glial activation and a Parkinson-specific neuronal state》的单细胞表达量矩阵并没有公开,但是基因是给出来了,所以大家可以拿它的基因列表,去前面的数据集,比如这个 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE157827 ,去检查看看其是否可以比较好的分群!
如果你确实觉得我的教程对你的科研课题有帮助,让你茅塞顿开,或者说你的课题大量使用我的技能,烦请日后在发表自己的成果的时候,加上一个简短的致谢,如下所示:
We thank Dr.Jianming Zeng(University of Macau), and all the members of his bioinformatics team, biotrainee, for generously sharing their experience and codes.
十年后我环游世界各地的高校以及科研院所(当然包括中国大陆)的时候,如果有这样的情谊,我会优先见你。