中深度WGS测序应用

目前低深度WGS（CNVseq）和高深度WGS都已出专家共识了，其实中深度WGS也有很大的优势和应用价值。

CNVseq相比CMA有很多优势：

1. 低成本，高通量，可与NIPT、NIPT+同测低DNA样本量
2. 能检测全基因组范围的CNV，相比CMA覆盖范围更广，灵敏度更高
3. 可检测超过300种染色体疾病（含CNV和非整倍体），全面排查染色体异常
4. 可检测大于5%的低比例非整倍嵌合
5. 采用PCR free WGS文库构建方案，减少偏好性，数据表现更稳定
6. 严格的数据校正流程，屏蔽重复序列区域和CNV多态性区域，可重复性好，保证精确度和稳定性
7. 平滑稳定的算法、更细致的数据可视化展示
8. 累积的阳性样品案例，可为CNV解读提供精确参考
9. 家系同测，满足临床咨询

但CNVseq最大缺陷是在UPD和异倍体方面的检测。

假如我们把测序深度提高到10x，按目前60￥/G的测序成本计算，测30G，大概需要1800￥的测序成本。加上样本处理大概2000出头的成本价了，市场价格也许与CMA差不太多了。但这增加的测序量，优势就非常明显了。

1. 可检测更高分辨率的CNV；

1x CNVseq目前一般最高能检测出50-100kb+的CNV，平均每3kb内就有10条fragments，平均每20kb内就有67条 fragments，每50kb内就有167条fragments，每100kb内就有333条fragments。而10x WGS的测序量，平均每300bp就有10条fragments，每1kb既有33条fragments，每5kb就有167条fragments

2. 10x WGS可call到比较多有一定可靠度的点突变，我们可利用这些点突变的VAF分布来分析多倍体和LOH（UPD）；

3. 可分析一定可靠度的SV；

4.可分析一定可靠度的移动重复元件；

5. 可利用SNP或STR信息，区分父源、母源缺失/重复；

然而，在非唯一比对区域、重复区域、或GC异常区域，不论是CMA还是低深度CNVseq或者中深度、高深度WGS都是检测盲区。要检测这些区域的异常还得倚仗三代长读长测序了。