空间转录组分析工具速递2：Giotto

Giotto

工具官网：

• https://rubd.github.io/Giotto_site/

代码官网：

• https://github.com/RubD/Giotto/

简介：

该分析模块通过实现广泛的算法来表征组织组成、空间表达模式和细胞相互作用的特征，从而提供 end-to-end 一条龙的分析流程

• 发表时间：08 March 2021
• 发表杂志：Genome Biology
• 文献Doi ： https://doi.org/10.1186/s13059-021-02286-2
• 发表作者：Guo-Cheng Yuan 美国达纳-法伯癌症研究所和哈佛医学院儿科肿瘤系

主要分析内容点：

• clustering 空间数据聚类
• spatial enrichment 结合单细胞数据进行spot注释
• spatital patterns 空间表达模式分析
• cell neighborhood 空间细胞临近通讯分析

分析pipeline：