Perl 版Circos -绘图篇-line plot绘图

上文介绍了scatter plot绘图，相信大家对plot模块有了一定的了解。今天小编将介绍line plot 的绘图内容。

line的使用比较简单，首先大家来看看具体block图：

从图中可以很明显的看到这个”<plots> </plots>”来定义 block，这与其他的绘图block定义是相似的，只不过是换关键词而已，并且plot中通过“type”可以定义绘图模式。在这个block中会有一个或多个<plot> </plot>”来声明每个plot的模式类型（type）、位置（r0,r1）、填充颜色(color)的信息。

（1）type是绘制类型的选择，包括scatter, line, histogram, heatmap等，在此处是全局变量。

（2）thickness 设置线的粗细，同（1）一样是全局变量。

（3）max_gap 表示两个点之间最大的距离，当大于这个距离的时候不会用直线进行连接，如下图中的gap。

（4）file是展示的位置区段文件，第四列可以是SNP、Indel、GC含量以及比对read数量或密度，格式如图:

（5）color 是对线条进行颜色设置。

（6）min代表绘制散点的最小值，同样的低于最小值也不会绘制出来。

（7）max代表绘制散点的最大值，超过最大值将不会绘制出来。

（8）r0代表环形内圈的值。

（9）r1代表环形外圈的值。

（10）fill_color设置折现下方的填充颜色。

（11）orientation 表示线的正反，一般是默认背离圆心orientation=out，此时y=0位于r0上；反之，orientation=in，此时y=0位于r1上。

此外，与scatter 一样line block中也可以插入不同的backgroud，axis和rule等block来控制背景、坐标轴和显示图形的规则。在scatter中已经介绍过了，在此就不重复了。

上期介绍axis的时候是通过spacing 来定义同等间距轴线，今天line绘图中介绍axis的新方法，如下代码所示：

<axes>
<axis>
color     = lgreen
thickness = 2
position  = 0.01
</axis>
<axis>
color     = vlgreen
thickness = 2
position  = 0.008
</axis>
<axis>
color     = vlgreen
thickness = 2
position  = 0.006
</axis>
<axis>
color     = red
thickness = 2
position  = 0.002
</axis>
</axes>

此代码通过position定义了四个位置的轴线，并分别设置不同的颜色。这个与spacing定义等距均匀的轴线是不同的。

最终呈现的示意图如下：

到这稍稍总结一下：line主要有max_gap，fill_color，orientation是line特殊的设置，与rule结合运用会增加线图丰富性，增加观感！