CMplot惊艳绘图

install.packages("CMplot")

Pmap    输入数据文件
col 设置颜色，可以是vector or matrix
#当vector数量少于染色体数目时，循环利用；也可以对每一个性状的每一条染色体进行设置
bin.size    设置SNP密度图中的窗口大小
bin.max  bin中SNP数量的阈值，当大于阈值时染色体bin颜色为同一颜色
cex 设置绘制点的大小 
pch 设置绘制点的形状，同plot中的"pch"
band    设置染色体之间的间隔,当为0时染色体间无空隙，默认为1
cir.band  设置不同circle的空隙，默认为1
H   性状circle的高度设置，默认1
ylim    设置y轴的范围同plot中的"ylim"
cex.axis    设置坐标轴字体和标签字体的大小
bin.size    设置SNP密度图中的窗口大小
cex.axis    设置坐标轴字体和标签字体的大小
plot.type   设置不同的绘图类型，可以设定为 "d", "c", "m", "q" or "b"
# "d" 表示 SNP density plot "c" 表示 circle-Manhattan plot
# "m" 表示 Manhattan plot "q" 表示 Q-Q plot
# "b" 表示 circle-Manhattan, Manhattan and Q-Q plots一起绘制
#  plot.type=c("m","q") 表示Manhattan plot和Q-Q plot一起绘制
multracks   设置是否需要绘制多个track
cex 绘制点的大小，可是为单个数值或向量（对应同一绘图中不同的plot）
r   设置圈的半径大小
xlab    设置x轴标签
ylab    设置y轴标签
outward 设置点的朝向是否向外
threshold   设置阈值并添加阈值线
threshold.col   设置阈值线的颜色
threshold.lwd   设置阈值线的宽度
threshold.lty   设置阈值线的类型
amplify 设置是否放大显著的点
chr.labels  设置染色体的标签
signal.cex  设置显著点的大小
signal.pch  设置显著点的形状
signal.col  设置显著点的颜色
singal.line 设置显著线的宽度
chr.den.col 设置SNP密度图的颜色
cir.band    设置环状曼哈顿图中不同染色体之间的间隔
cir.chr 设置是否显示染色体的边界
cir.chr.h   设置染色体边界的高度
chr.den.col SNP密度的颜色，可以为字符，向量或空
cir.legend  设置是否显示图例
cir.legend.cex  设置图例字体的大小
cir.legend.col  设置图例的颜色
LOG10   设置是否对p-value取log10对数
box 曼哈顿是否绘制方框
conf.int.col    设置QQ图中置信区间的颜色
file.output 设置是否输出图片
file    设置输出图片的格式，可以设定为"jpg", "pdf", "tiff"
dpi 设置输出图片的分辨度
memo    设置输出图片文件的名字

CMplot(pig60K,plot.type="d",bin.size=1e6,col=c("darkgreen", "yellow", "red"),file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE, verbose=TRUE)

CMplot(pig60K,plot.type="c",chr.labels=paste("Chr",c(1:18,"X"),sep=""),r=0.4,cir.legend=TRUE,
        outward=FALSE,cir.legend.col="black",cir.chr.h=1.3,chr.den.col="black",file="jpg",
        memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

 CMplot(pig60K,plot.type="c",r=0.4,col=c("grey30","grey60"),chr.labels=paste("Chr",c(1:18,"X"),sep=""),
      threshold=c(1e-6,1e-4),cir.chr.h=1.5,amplify=TRUE,threshold.lty=c(1,2),threshold.col=c("red",
      "blue"),signal.line=1,signal.col=c("red","green"),chr.den.col=c("darkgreen","yellow","red"),
      bin.size=1e6,outward=FALSE,file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

CMplot(cattle50K,plot.type="c",LOG10=FALSE,outward=TRUE,col=matrix(c("#4DAF4A",NA,NA,"dodgerblue4",
         "deepskyblue",NA,"dodgerblue1", "olivedrab3", "darkgoldenrod1"), nrow=3, byrow=TRUE),
         chr.labels=paste("Chr",c(1:29),sep=""),threshold=NULL,r=1.2,cir.chr.h=1.5,cir.legend.cex=0.5,
         cir.band=1,file="jpg", memo="",dpi=300,chr.den.col="black",file.output=TRUE,verbose=TRUE)

CMplot(pig60K,plot.type="m",LOG10=TRUE,threshold=NULL,chr.den.col=NULL,file="jpg",memo="",dpi=300,
    ,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

CMplot(pig60K, plot.type="m", col=c("grey30","grey60"), LOG10=TRUE, ylim=c(2,12), threshold=c(1e-6,1e-4),
        threshold.lty=c(1,2), threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c("black","grey"), amplify=TRUE,
        chr.den.col=NULL, signal.col=c("red","green"), signal.cex=c(1,1),signal.pch=c(19,19),
        file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

CMplot(pig60K, plot.type="m", LOG10=TRUE, ylim=NULL, threshold=c(1e-6,1e-4),threshold.lty=c(1,2),
        threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c("black","grey"), amplify=TRUE,bin.size=1e6,
        chr.den.col=c("darkgreen", "yellow", "red"),signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1),
        signal.pch=c(19,19),file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

CMplot(pig60K, plot.type="m", multracks=TRUE, threshold=c(1e-6,1e-4),threshold.lty=c(1,2), 
        threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c("black","grey"), amplify=TRUE,bin.size=1e6,
        chr.den.col=c("darkgreen", "yellow", "red"), signal.col=c("red","green"),signal.cex=c(1,1),
        file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

CMplot(pig60K,plot.type="q",conf.int.col=NULL,box=TRUE,file="jpg",memo="",dpi=300,
    ,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

CMplot(pig60K,plot.type="q",col=c("dodgerblue1", "olivedrab3", "darkgoldenrod1"),threshold=1e6,
        signal.pch=19,signal.cex=1.5,signal.col="red",conf.int.col="grey",box=FALSE,multracks=
        TRUE,file="jpg",memo="",dpi=300,file.output=TRUE,verbose=TRUE)