【精品思路在手，高分Paper不愁】转录组数据-免疫微环境精品分析思路（二）

今天，我们继续来梳理一下“利用转录组数据来解析免疫微环境”的套路。今天的这篇文章选自于

Mandal R, Şenbabaoğlu Y, Desrichard A, et al. The head and neck cancer immune landscape and its immunotherapeutic implications[J]. JCI insight, 2016, 1(17).

思路导图（建议横向观看）：

数据来源：作者从TCGA中下载了280例头颈鳞癌（HNSSC）的转录组数据。

一． 刻画头颈鳞癌的免疫微环境全景

1. 基于转录组数据计算肿瘤免疫细胞浸润的组分和比例，将患者分组：“Immne High”和“Immune Low“。

2. 通过免疫产物或效应子的表达，来验证免疫细胞浸润和免疫活性水平相关

验证指标：激活的T细胞释放分子（granzymes and perforin表达）；cytolytic score；IFN-r信号通路富集；CD8+/Treg ratio；

二． 免疫浸润与临床特征的关联

吸烟与免疫浸润

1）吸烟signature与免疫活性负相关

基于突变特征预测出吸烟所占的贡献比重，该比重与T细胞浸润、免疫浸润、INF-r信号通路均负相关，说明吸烟与局部的免疫抑制相关。

2）吸烟signature与Tumour Mutation Burden (TMB)正相关

吸烟相关的突变形成，会有更高的TMB。

HPV状态与免疫浸润

1） 免疫浸润水平：HPV+患者比HPV-有更高的T细胞浸润，更高的免疫细胞浸润。

2）免疫活性水平：HPV+患者有更高的活性免疫表达(perforin, granzyme A, granzyme B, cytolytic score)。

3） 免疫调节水平：HPV+患者有更高PD-L1, CTLA-4, KIR表达。

三． 泛癌种的免疫landscape分析

1）泛癌种的免疫浸润分布

在TCGA数据中，选取10个免疫浸润和免疫活性最高的癌种。将HNSCC（HPV+），HNSCC（HPV-）与其它癌种的免疫浸润得分比较。

2） 泛癌种的Treg浸润、Treg/CD8+T比例，CD56dim NK细胞浸润的分布。

发现：HPV+的肿瘤，有更高的免疫细胞浸润和更高的免疫调节抑制。

四．免疫浸润对HNSCC预后的提示

1.免疫浸润分层vs患者的预后，肿瘤免疫浸润更高的的患者有更高的OS。

2.不同的免疫细胞亚群 vs 生存

1）参与宿主适应性免疫应答的免疫亚群浸润（如T cell），有更好的生存。

2）而参与固有免疫应答的会有较差的生存（如Th2）。