主成分分析3D绘图-pca3D

作图丫

发布于 2022-03-28 15:40:18

1.2K0

文章被收录于专栏：作图丫作图丫

今天向大家介绍一个展示主成分分析（PCA）的3D绘图方法。

install.packages("pca3d")  #安装包
library(pca3d)

1. 例一

metabo是结核病的代谢情况数据

data(metabo)

pca <- prcomp(metabo[,-1], scale. = TRUE )
#pca数据要求是一个prcomp对象，或者一个至少有三列的矩阵
#prcomp是主成分分析函数
head(pca)

pca3d(pca, group=metabo[,1])
#绘图，根据metabo第一列分组
makeMoviePCA()
##变成动态

2. 例二

pca2d( pca, group= metabo[,1] )
#绘制2D

3. 例三

pca3d( pca, group= metabo[,1],
       fancy= TRUE, bg= "black",
       #fancy= TRUE,是展示标签、阴影、形心、分组标签
       #bg是背景颜色
       
       axes.color= "white", new= TRUE
       #axes.color是坐标轴颜色
       #new，是否打开新窗口

       )

4. 例四

pca3d( pca, group= metabo[,1],
       fancy=FALSE, bg= "white",
       axes.color= "blue", new=TRUE,
       show.centroids=TRUE
       #显示每个类的中心，以及从每个数据点到相应的形心的线

)

5. 例五

pca3d( pca, group= metabo[,1],
       fancy=FALSE, bg= "white",
       axes.color= "blue", new=TRUE,
       show.shadows=TRUE,
       #显示阴影，形成“棒棒糖”

show.group.labels=TRUE
       #展示分组标签    
)

6. 例六

pca3d( pca, group= metabo[,1],
       fancy=FALSE, bg= "white",
       axes.color= "blue", new=TRUE,
       show.ellipses=TRUE
       #展示置信区间，默认为0.95
       #ellipse.ci设置置信区间

)