基因家族“套路分析”

Hello，各位小伙伴，大家都知道基因家族分析是低投入和高回报的一种课题，小编近期也接到了一些小伙伴私信我基因家族分析的问题，因此小编读了一些基因家族分析的文章，今天和大家分享一下。

这篇文章是2016年发表在scientific Reports上的文章。主要做了carrot WRKY 家族的进化分析。

下边就来看看这篇文章的主要分析内容：

文章标题

文章摘要

主要的分析内容

1、利用HMMER and BLAST通过PF03106搜索D. carota genome确定包含WRKY domain的95个WRKY基因家族序列。

2、在构建系统发生树时加入了拟南芥WRKY基因家族基因，利用两个物种WRKY保守域进化树分析得到了三个group亚组。

3、利用PlantCARE对WRKY家族基因进行cis-regulatory元件分析绘图。

4、基因家族中系统发生树、exon-intron结构以及motif分析绘制了一张图。

5、亚细胞定位表明DcWRKY45, DcWRKY11和DcWRKY80 定位到核内。

6、构建多物种WRKY家族系统发生树。

7、WRKY基因家族蛋白互作网络分析。

此外，本文作者还对WRKY家族同源基因，并对根部发育期和胁迫状态下的WRKY表达模式进行了分析。

这篇文章亮点简单总结一下：

首先，这篇文章不仅对胡萝卜全基因组的WRKY基因家族进行了搜索，而且对多物种WRKY进行了进化树分析，文章之前进报道过2个物种；

其次，文章对多同源基因、家族基因蛋白互作进行了系统分析；

最后，文章对WRKY基因表达和细胞定位。文章整体分析内容丰富，能发到SR，一般的分析内容也能达到2-3分的文章水平，相对来讲，分析思路简单，分析也并不复杂，小伙伴们觉得呢？