MapQTL软件使用指南

之前跟大家分享过QTL IciMapping软件（回顾请戳QTL IciMapping 定位简明教程），今天给大家分享一下另外一款常用的QTL定位软件MapQTL，小编测试的是版本5，现在最高版本是MapQTL6。

第一步：文件格式检查

Loc文件和Map文件格式以highMap软件排图得到的文件格式即可，具体如下：

1、*.loc文件格式，标签的基因型文件，包括两部分：数据统计部分和标签基因型部分。

1）数据统计部分：

nloc ：标签总数（必须准确填写）；

name：物种名称；

popt：群体类型，填写格式如：CP、F2、DH、Ri8等；

nind：群体子代个体数（必须准确填写）。

2）标签基因型部分：

每个标签自左向右为：标签名和标签在各个子代个体中的基因型。

不同群体的编写格式不同，具体举例如下：

（1）F2、Ril群体编写格式如下

（2）DH群体编写格式如下（与F2群体的不同，DH群体需要一列连锁相）：

（3）CP群体编写格式如下（与F2群体不同，CP群体需要一列基因型和一列连锁相）：

2、*.map文件格式，标签在连锁群上的顺序和位置文件，包括两部分：连锁群编号和标签的位置信息，具体格式如下：

3、*.qua文件格式，群体的性状信息文件，包括两部分：数据统计部分和性状信息部分。

1）数据统计部分：

ntrt：性状总数（必须准确填写）；

nind：群体个体数（必须准确填写）；

miss：代表此处个体的性状数据缺失。

2）性状信息部分：第4行为性状名称；自第5行以下各行为每个个体的性状数值，自上而下的个体编号顺序与*.loc文件中每个标签的横向自左向右个体编号顺序一致。

第二步：MapQTL软件操作

1、 打开mapQTL软件，界面如下：

2、新建工程，操作如下：

a、点击File -> New Project

b、输入新工程的名称（即最终结果文件的文件夹名）

建完工程页面如下：

3、插入文件：

a、在左边框选择Population 窗口。然后点击File ->load data（快捷键F4或点击红色箭头）选择插入文件：

b、先选择*.qua性状文件

c、对*.qua性状文件目录命名：

d、*.qua文件插入后页面显示如下：

e、同样在Populations目录下，插入*.loc文件，插入文件时的目录命名与插入*.qua时的目录名必须完全相同。插入*.loc文件后的页面显示如下：

f、将Populations目录更改为Maps目录，插入*.Map文件，插入后的文件页面显示见下图，对显示区的信息进行核对，包括个体数、标签数、性状数、染色体数等。

4、QTL定位：

a、右键选中需要定位的群体信息和连锁群map信息（当所有文件均标红即选中）

b、选择QTL定位需要所用的算法，一般选择IM（Interval Mapping）算法，然后点击图标即可运行。运行结束后，再选择PT（permutation test）算法，点击，进行检验筛选阈值，这一步时间较长。

第三步：拷贝QTL定位结果文件

最终定位得到的结果所在文件夹名与新建工程时命名相同，后缀为*.mqd。将文件夹中后缀为.MQO的文件拷贝出来，将其中包含（IM）和（PT）的文件分开存放。