肿瘤免疫分析，你一定要掌握这个数据库！

导语

GUIDE ╲

肿瘤和免疫系统之间的相互作用在癌症发展和治疗反应中都起着至关重要的作用。

背景介绍

在肿瘤免疫分析十分火热的当下，灵活的运用相关数据库可以让我们的研究便捷许多。

今天小编给大家介绍的数据库是TISIDB（http://cis.hku.hk/TISIDB/）--一个通过整合研究文章和多种类型的高通量数据来建立的关于肿瘤-免疫相互作用的数据库。用户可以通过搜索存储在 TISIDB 中的各种数据资源，轻松地查找特定基因与肿瘤发生环境中的免疫关系。

数据介绍

TISIDB集成了五种类型的数据：1、来自 PubMed 数据库的文献挖掘结果。2、用于检测肿瘤细胞对 T 细胞介导的杀伤的抗性和敏感性的高通量筛选数据（例如 CRISPR-Cas9、shRNA 和 RNAi）。3、具有免疫治疗的患者队列（应答者和非应答者）的外显子组和 RNA 测序数据集。4、来自癌症基因组图谱 (TCGA) 的 30 种癌症类型的基因组学、转录组学和临床数据。5、公共数据库，包括 UniProt、GO、DrugBank 等。这些数据被整合到每个基因的十类信息中。

数据库的使用

数据库的主页是十分简洁的，我们需要在右下方的查询框输入查找的基因名，在这里用示例的CD47，点击submit。

查询的结果见如下

点击CD47，即可进入具体的分析界面

我们可以看到上方有十类信息，都是对这个基因的各方面注释

第一类主要包括三个部分：1、亚细胞定位、结构域和功能。2、GO。3、KEGG。这三部分在下面有详细的描述。

第二类是文献，包含文章题目和PMID等信息

第三类是一些高通量筛选的数据集

第四部分是免疫治疗，包括响应者和非响应者之间的表达差异和突变差异的可视化图片和具体数据。

第五部分是淋巴细胞，可以查看CD47表达水平、拷贝数、甲基化、突变与肿瘤浸润淋巴细胞之间的相关性，x轴是肿瘤的类型，y轴是淋巴细胞，可以在下拉菜单中进行选择。

第六部分是免疫调节剂，可以查看CD47表达水平、拷贝数、甲基化、突变与免疫抑制剂、免疫增强剂、MHC分子之间的相关性。

第七部分是趋化因子，可以查看CD47表达水平、拷贝数、甲基化、突变与趋化因子和受体之间的相关性。

第八部分是亚型，包括免疫亚型和分子亚型，分别展示各种癌症中和一种癌症的不同亚型中表达水平。

第九部分是临床，分别包括OS、分期和分级，展示在不同癌症中生存时间的分布和一种癌症类型中生存的差异水平。

第十部分是药物靶标，由于CD47没有信息，使用TP53试试！

小编总结

在使用上来看，数据库的查询十分简单，只需要输入我们感兴趣的基因名，剩下的进行点击选择就可以了，并且数据库整合了很多组学的数据，将结果归类为展示的十个部分信息，我们可以根据我们关注的内容灵活的进行选择！

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