ggVennDiagram--简单美观的韦恩图绘制方法

作图丫

发布于 2022-03-29 09:38:18

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发布于 2022-03-29 09:38:18

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导语

GUIDE ╲

维恩图用于展示在不同的事物群组（集合）之间的数学或逻辑联系，尤其适合用来表示集合（或）类之间的“大致关系”，它也常常被用来帮助推导（或理解推导过程）关于集合运算（或类运算）的一些规律。

背景介绍

绘制韦恩图可能是大家在对自己数据进行可视化时经常会碰到的问题，低维度的数据还好说，对于复杂点的数据如何画出美观的韦恩图呢？今天小编给大家介绍的R包是ggVennDiagram，一个专注于韦恩图绘制的工具，作者在在对其不断的进行版本完善，接下来就让我们看看如何使用吧！

R包安装

BiocManager::install("ggVennDiagram")
library(ggVennDiagram)
library(ggplot2)

可视化介绍

基本用法

示例数据：

genes <- paste0("gene",1:1000)
set.seed(20210302)
gene_list <- list(A = sample(genes,100),
                  B = sample(genes,200),
                  C = sample(genes,300),
                  D = sample(genes,200))

正常绘图

p1 <- ggVennDiagram(gene_list, 
                    category.names = c("a very long name","short name","name","another name"))
p1

发现某些类别名称过长，显示不全，通过设置expand调整

p1 + scale_x_continuous(expand = expansion(mult = .2))

显示交点值

set.seed(0)
small_list <- lapply(sample(6:10, size = 4), function(x){
  sample(letters,x)
})

ggVennDiagram(small_list, 
                    category.names = LETTERS[1:4], 
                    show_intersect = TRUE)

类别名称颜色设置

ggVennDiagram(gene_list, set_color = c("blue","black","red","green"))

类别名称大小

ggVennDiagram(gene_list, set_size = 8)

设置文字内容（count/percent）

ggVennDiagram(gene_list, label = "count")

颜色和大小

ggVennDiagram(gene_list, label_color = "firebrick", label_size = 4)

边设置

ggVennDiagram(gene_list, edge_lty = "dashed", edge_size = 1)

调色板

library(ggplot2)
p <- ggVennDiagram(gene_list)
# Red Blue
p + scale_fill_distiller(palette = "RdBu")

颜色展示：

RColorBrewer::display.brewer.all()

添加文字描述

p + labs(title = "Four sets Venn Diagram",
         subtitle = "generated by `ggVennDiagram`",
         caption = Sys.Date())

一些其他形状

作者在更新过程中还给用户提供了不同的形状选择

ggVennDiagram:::shapes
#> # A tibble: 104 x 6
#>    nsets type    shape_id component id    xy             
#>    <dbl> <chr>   <chr>    <chr>     <chr> <list>         
#>  1     4 ellipse 401f     setEdge   1     <dbl [101 x 2]>
#>  2     4 ellipse 401f     setEdge   2     <dbl [101 x 2]>
#>  3     4 ellipse 401f     setEdge   3     <dbl [101 x 2]>
#>  4     4 ellipse 401f     setEdge   4     <dbl [101 x 2]>
#>  5     4 ellipse 401f     setLabel  1     <dbl [1 x 2]>  
#>  6     4 ellipse 401f     setLabel  2     <dbl [1 x 2]>  
#>  7     4 ellipse 401f     setLabel  3     <dbl [1 x 2]>  
#>  8     4 ellipse 401f     setLabel  4     <dbl [1 x 2]>  
#>  9     3 circle  301f     setEdge   1     <dbl [100 x 2]>
#> 10     3 circle  301f     setEdge   2     <dbl [100 x 2]>
#> # ... with 94 more rows

可以根据自己的需求选择

plot_shapes()

默认情况下，在调用主函数 ggVennDiagram() 时只使用最合适的形状。但是可以自行指定形状。

# Generate example data.
genes <- paste0("gene",1:1000)
set.seed(20210701)
gene_list <- list(A = sample(genes,100),
                  B = sample(genes,200),
                  C = sample(genes,300),
                  D = sample(genes,200))

# construct a Venn object
venn = Venn(gene_list)
data = process_data(venn, shape_id == "401")

ggplot() +
  geom_sf(aes(fill = count), data = venn_region(data)) +
  geom_sf(aes(color = id), data = venn_setedge(data), show.legend = FALSE) +
  geom_sf_text(aes(label = name), data = venn_setlabel(data)) +
  geom_sf_label(aes(label = count), data = venn_region(data)) +
  theme_void()