systemPipeTools--强化你的数据可视化工具！
导语
GUIDE ╲
systemPipeTools 包扩展了广泛使用的 systemPipeR (SPR)工作流程环境。
背景介绍
systemPipeTools是扩展了systemPipeR包的数据可视化工具包，包括差异表达基因 (DEG) 分析的自动化工具 。systemPipeTools 通过散点图、层次聚类热图、主成分分析、多维缩放、广义主成分、t-SNE以及MA和火山图提供数据转换和数据探索功能。 由于它集成了多种类型图片的绘制功能，可以让我们只用systemPipeTools就能进行丰富的可视化！
R包安装
BiocManager::install("systemPipeTools")
BiocManager::install("systemPipeR")
library("systemPipeTools") # Loads the package
library(help = "systemPipeTools")可视化展示
01
导入数据
第一步是导入目标文件和原始reads计数表。
## 目标文件
targetspath <- system.file("extdata", "targets.txt", package = "systemPipeR")
targets <- read.delim(targetspath, comment = "#")
cmp <- systemPipeR::readComp(file = targetspath, format = "matrix", delim = "-")
## Count计数表
countMatrixPath <- system.file("extdata", "countDFeByg.xls", package = "systemPipeR")
countMatrix <- read.delim(countMatrixPath, row.names = 1)
showDT(countMatrix)
数据转换
对于基因差异表达，需要原始count，但是对于数据可视化或聚类，使用转换的count数据比较好。输入文件必须包含所有基因，而不仅仅是差异表达的基因。
exploredds <- exploreDDS(countMatrix, targets, cmp = cmp[[1]], preFilter = NULL,
transformationMethod = "rlog")
exploredds
02
实例
层次聚类树状图
hclustplot(exploredds, method = "spearman")
散点图
exploreDDSplot(countMatrix, targets, cmp = cmp[[1]], preFilter = NULL, samples = c("M12A",
"M12A", "A12A", "A12A"), scattermatrix = TRUE)
分层聚类热图
heatMaplot(exploredds, clust = "samples", plotly = FALSE)
## Individuals genes identified in DEG analysis DEG analysis with `systemPipeR`
degseqDF <- systemPipeR::run_DESeq2(countDF = countMatrix, targets = targets, cmp = cmp[[1]],
independent = FALSE)
DEG_list <- systemPipeR::filterDEGs(degDF = degseqDF, filter = c(Fold = 2, FDR = 10))
heatMaplot(exploredds, clust = "ind", DEGlist = unique(as.character(unlist(DEG_list[[1]]))))
PCA
PCAplot(exploredds, plotly = FALSE)
均线图
此函数绘制 log2 倍数变化（y 轴）与归一化计数的平均值。
MAplot(degseqDF, comparison = "M12-A12", filter = c(Fold = 1, FDR = 20), genes = "ATCG00280")
tSNE
tSNEplot(countMatrix, targets, perplexity = 5)
火山图
volcanoplot(degseqDF, comparison = "M12-A12", filter = c(Fold = 1, FDR = 20), genes = "ATCG00280")
小编总结
systemPipeR可以系统的，重头到尾的分析NGS数据，systemPipeTools包扩展了systemPipeR的功能，提供了丰富的可视化方式，满足我们的各种需求！
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。
原始发表：2021-11-19，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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