免疫互作和信号反应数据库InnateDB

作图丫

发布于 2022-03-29 11:06:00

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发布于 2022-03-29 11:06:00

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导语

GUIDE ╲

InnateDB（http://www.innatedb.com）数据资源用于促进对哺乳动物(人、小鼠和牛)先天免疫反应系统水平的调查研究。InnateDB目的是提供一个有关基因、蛋白质，特别是哺乳动物先天免疫的相互作用和信号反应的人工辅助知识库。

数据库介绍

InnateDB通过整合来自几个主要公开数据库的互作和通路信息，整合了全人类、小鼠和牛的interactomes（相互作用组，一个相互作用组是一个特定细胞内的一整套分子相互作用），但其目的是通过人工管理获得对先天免疫相互作用组的更好的覆盖。

该团队系统地回顾和管理生物医学文献中经过实验验证的人类和小鼠的相互作用。牛的相互作用很大程度上是通过这些相互作用参与者的同源性分析来预测的。人类和小鼠的互作包括了丰富的上下文注释，以及参与者分子的信息、参考出版物、互作检测方法、细胞和组织类型，符合最近提出的分子相互作用最小信息(MIMIx)标准(Nat. Biotech., 2007)的各种其他信息。还有InnateDB提交系统，允许管理者使用结构化的受控词汇提交数据，用于蛋白质-蛋白质相互作用实验的注释(由HUPO蛋白质组学标准计划开发)。

数据库使用方法

首页

Search检索

1. Molecules可直接检索基因或蛋白质

小编这里检索人类基因BRCA1

输出实验验证的以及预测的互作

点击第一条，展示详细互作图

2.Interactions检索互作关系

输出互作结果

3. Pathways检索通路

选择检索信号通路

显示与MAPK通路相关的互作关系

4. browse按照不同分类浏览数据

Data analysis数据分析

这部分的分析是需要用户上传数据来进行的。

1. 通路分析

InnateDB Pathway Analysis使使用者能够确定在给定的基因/蛋白质列表中哪些生物通路被显著地过度表达(超出了预期的随机表达)。InnateDB整合了来自KEGG、Reactome、NetPath、INOH、BioCarta和PID等主要公共数据库的通路注释(所有的通路，不只是免疫相关的通路)，因此是目前最全面的通路来源之一。

要进行通路分析，首先上传一个以制表符分隔的文本文件或Excel电子表格(仅限xls文件)，其中包含基因/蛋白质标识符(仅限人类、小鼠或牛)和多达10个条件/时间点的任何相关定量数据(例如基因表达数据折叠变化和p值)。

2. Gene Ontology Analysis GO分析

Gene Ontology Consortium可以描述基因及其编码产品的分子功能、生物过程和细胞组分。基因本体论(GO)的over-representation analysis(ORA)来检查基因/蛋白质列表中GO注释术语的出现情况。可以识别出基因列表中出现频繁的注释，并可能指向在感兴趣的条件下被不同调节的生物过程或通路。在InnateDB中，对GO注释进行补充，即哪些基因在先天免疫中有已发表的role。

要进行GO分析，首先上传一个以制表符分隔的文本文件或Excel电子表格(仅限xls文件)，其中包含基因/蛋白质标识符(仅限人类、小鼠或牛)和多达10个条件/时间点的任何相关定量数据(例如基因表达数据折叠变化和p值)。

3. Network Analysis网络分析

InnateDB管理团队已经注释了25000个与先天免疫相关的分子相互作用——构建了第一个先天免疫相互作用组。虽然InnateDB管理的重点是先天免疫相关的交互作用，但InnateDB也整合了来自其他主要互作数据库的数据(352,782+互作)，对整个人类、小鼠和牛的交互作用进行了详细注释。InnateDB网络分析允许用户建立、可视化和分析感兴趣的基因列表的分子相互作用网络。

要进行网络分析，首先上传一个以制表符分隔的文本文件或Excel电子表格(仅限xls文件)，其中包含基因/蛋白质标识符(仅限人类、小鼠或牛)和多达10个条件/时间点的任何相关定量数据(例如基因表达数据折叠变化和p值)。

4. Interactor Analysis互作因子分析

上传一个以制表符分隔的文本文件或基因/蛋白质标识符的Excel电子表格(.xls文件)(仅限人类、鼠标或奶牛)，并获取与它们关联的所有互作因子的列表。

5. TFBS Analysis转录因子结合位点分析

InnateDB整合了来自CisRED数据库的人类和小鼠基因的转录因子结合位点(transcription factor binding site, TFBS)数据。用户可以分析一组基因，以确定特定的TFBSs是否在他们的数据集中被过度表达。

要进行TFBS分析，首先上传一个以制表符分隔的文本文件或Excel电子表格(仅限人类或鼠标)的基因/蛋白质标识符(.xls文件)。

InnateDB Annotation 注释

1. InnateDB Innate Immunity Genes先天免疫基因

除了对先天免疫的相互作用和途径通路注释外，InnateDB管理团队还建立了一个项目来对先天免疫反应中起作用的基因进行注释。管理者在InnateDB的管理系统中使用了一种新的工具，将相关基因与发表论文关联起来，为该基因在先天免疫中发挥作用提供证据。除了指向相关出版物的链接外，还提供了与Entrez GeneRIFs类似的作用的一行摘要。在InnateDB中，这些基因也自动与Gene Ontology术语“先天免疫反应”联系在一起，为InnateDBGene Ontology过表达分析工具提供了更全面的基因列表。到目前为止，已有1693个基因在某种程度上被注释(因为这是一个持续的过程)。InnateDB的目的并不是全面地注释一个给定基因的所有作用，而是提供一个简要的指示，如果一个基因在先天免疫中发挥作用，可以下载所有InnateDB curated基因及其注释。

下图列表提供了2308个基因的详细信息（可下载），这些基因已经被InnateDB或Gene Ontology标注为在先天免疫反应中起作用，每周更新。

2. 人工注释

这里提供的是一个管理指南PDF，是用户向InnateDB提交数据的指南。

Download 数据下载

1. Download InnateDB Curated Interactions

下载 InnateDB收录的互作，包括有DNA、RNA和蛋白质有的，以及蛋白质-蛋白质相互作用数据。格式有两种：XML和TAB

2. Download Imported Experimentally Validated Interactions

下载收录的经过实验验证的互作关系。

3. Access to interaction data via PSICQUIC web services

通过PSICQUIC web服务访问互作数据。psicquic.curat.innatedb.com: Curated InnateDB互作数据。psicquic.all.innatedb.com: InnateDB中所有经过实验验证的互作(包括手动管理的交互)。

自2010年9月以来，InnateDB的管理团队一直收录来自《Nature Immunology》的分子相互作用关系，使用IMEx标准。由于InnateDB还没有能力记录所有IMEx字段，所以这些字段通过IntAct的管理系统提交；此外，这些相互作用不一定与先天免疫有关。可以通过IMEx网站访问。

这些数据，每周更新一次，也可以下载MITAB 2.7文件格式

4. InnateDB Innate Immunity Genes

与四、1. InnateDB Innate Immunity Genes先天免疫基因一致

Other Resources 其他资源

1. Gene Lists

提供六个数据库或研究项目提供的免疫基因列表，并可下载。

2.Other Interaction Databases

大约有340355种相互作用已从Molecular Interaction database (MINT)、IntAct database、the Database of Interacting Proteins (DIP)、General Repository for Interaction Datasets (BioGRID)和Biomolecular Interaction Network Database (BIND)收录到InnateDB。

3. Other Pathway Databases

有5485个人类、小鼠和牛的通路从Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)、 NCI-Nature Pathway Interaction Database (PID)、Integrating Network Objects with Hierarchies (INOH)、Integrating Network Objects with Hierarchies (INOH)、NetPath和Reactome通路数据库整合到InnateDB。