gliovis--脑肿瘤表达数据可视化和分析数据库

导语

GUIDE ╲

GlioVis（http://gliovis.bioinfo.cnio.es）是一个强大的基于web的工具，可帮助研究人员和临床医生快速访问与脑肿瘤研究相关的数据。

背景介绍

GlioVis 包含超过 6500 个肿瘤样本，大约 50 个表达数据集的大量脑肿瘤实体（主要是神经胶质瘤），包括成人和儿童。虽然目前只能访问原发性脑肿瘤，但未来还计划加入继发性/转移性脑肿瘤、细胞系和异种移植物的数据。GlioVis 主页上提供了可用数据集的完整列表。原始表达数据已从各种来源下载：Gene Expression Omnibus、ArrayExpress和 Firebrowse。然后使用 R 语言处理这些数据，并结合手动策划的表型信息以进行可视化。

数据库在2020年还加入了CGGA来源的数据，数据处理的详细信息可以在 GlioVis 帮助页面上找到。

使用介绍

01

主页

数据库的主页主要分为Home、Explore、Tools、About、News五个部分。Home部分包含了对数据库的介绍，以及可用数据的统计，还有一些简单的使用说明，用户可以快速的学会使用数据库进行分析。

02

Explore

用户主要通过Explore界面可以进行个性化的分析！

首先选择数据集、平台、基因等信息，便可以在右边的绘图部分直接看到结果。

可视化的形式十分多样，可以对表达、生存、相关性、突变、差异表达等等进行分析和绘图！由于数据量较大，可能有时绘图比较慢，大家可以耐心等待一下。

用户对默认的绘图如果不够满意的话，可以在左下方的绘图参数调节部分，进行个性化的调节，对于不同类型的图片都有对应的调节方式。

绘图所需要的数据，我们可以直接查看以及下载下来，自己进行分析！

03

Tools

如果不想用数据库提供的数据集，我们也可以自行上传一个表达矩阵到数据库来进行分析（行为样本，列为基因），目前只适用于神经胶质瘤，使用 3 种不同的算法—SVM、KNN和ssGSEA分析，按亚型对肿瘤样本进行分类

04

About、News

关于数据库分析功能的详细说明，可以在About界面查找到。

News界面主要记录了数据库在不同时间进行了怎样的数据更新。

小编总结

gliovis是一个针对脑部肿瘤表达数据分析和可视化的数据库，使用起来可以说是十分方便，内部的可视化效果也是比较美观，小伙伴们快快用起来哦！