零基础发文章神器系列一-UALCAN

导语

GUIDE ╲

最近小编在看单基因的分析文章，这些文章共通点多是利用公共数据库进行单基因数据挖掘。小编认为这个对于想发表文章，但是又苦无很好的生信基础的小伙伴是个很好的思路。同时也揭示出一个简单的却容易被忽视的真理-肿瘤数据库掌握得好，分析绘图“一锅烩”，徒手挖文章就不再是遥不可及的梦！

数据库介绍

UALCAN是一个全面的、用户友好的、交互式的癌症组学数据分析网络资源，为访问公开癌症组学数据(TCGA, MET500和CPTAC)提供了极大便利，不用下载任何数据便能轻松分析并导出结果图片。

UALCAN的主要用途如下：

A）方便用户识别生物标志物或验证潜在感兴趣的基因。

B）轻松获取protein-coding, miRNA-coding and lincRNA-coding genes 表达与患者生存信息的生存分析结果。

C）评估基因的启动子甲基化状态。

D）对pan-cancer基因进行表达分析。

E）可通过超链接HPRD、GeneCards、Pubmed、TargetScan、the human protein atlas、DRUGBANK、Open targets和GTEx，轻松获取有关所选基因/靶标的额外信息。

数据库使用

数据库在使用教程上很用心，在首页就有明显的标识，点击进入即可学习怎样使用。

下边小编进行简单的使用介绍：

在首页能够清楚看到TCGA analysis / CPTAC analysis ，下边以TCGA analysis 为例进行说明。

点击TCGA analysis 进入如下界面：

(一)差异基因热图筛选感兴趣基因。

对基因类型进行选择后(可点击倒三角进行亚型选择)，点击方框2中的癌肿便可获取该癌肿的差异基因的heatmap。

例如点击Bladder urothelial carcinoma(BLCA)，右上方的为癌组织高表达的250个 的基因heatmap展示，右下方为癌组织低表达的250个基因heatmap展示。点击Pdevious/Next 可以前后浏览。点击图中2位置，可以下载当前heatmap图。点击Download即可得到Top250个基因的表达值和Pvalue值。

对于heatmap中感兴趣的基因可以直接点击，进入单基因分析界面，例如点击MMP11。

此界面可以对MMP11基因进行临床表型、泛癌、甲基化、生存、相关基因分析以及获取更多外联资料，如下图红框处。这个分析设计真是实用和方便。

分别点击进入的界面分别如下：

Pan-cancer view 展示TCGA癌肿的normal和tumor的基因表达boxplot图。

Methylation 展示normal和tumor基因启动子甲基化水平的boxplot图。

Survival 展示基因的生存分析结果。

Correlated Genes 相关基因展示，在这个界面会显示|Pearson-CC|>0.3的相关基因，分成上下两部分展示正相关和负相关基因，每个基因均能可视化相关性散点图(红框1)、基因表达boxplot(红框2)和生存分析(红框3)。

（二）对关注的感兴趣的基因分析。

在图白框内（红框1）输入基因ID，多个基因以“,”分割。如下图所示，示例中有3个基因。

随后在红框2中进行癌肿的选择，点击“Explore”，即可进入分析界面。

在此界面中按次序排列3个基因，以及2个相关模块，模块1(红框1)同样包含表达、生存、甲基化、相关基因以及泛癌分析；模块2（红框2）包含外联资料，包含蛋白、基因功能、MircoRNA预测以及Pubmed搜索等实用功能。

到这里呢，这个数据库的使用分享结束了。是不是比较简单、实用和方便呢？

小编总结

这个数据库优点是毋庸质疑的，在很多的文章里也得到了使用。但是这个数据库也是有些局限的，例如网络的构建、相关基因的阈值不能灵活设置以及基因功能富集分析等。如果这些都丰富进来，那么对于徒手挖文章会有更大的帮助。你还知道有哪些简单实用的数据库呢？告诉小编，让小编分享给大家吧！