【重磅推荐】单细胞数据库强势来袭

导语

GUIDE ╲

近几年，单细胞的研究蔚然成风，受到很多科研人员的青睐。小编为大家整理了迄今为止，最全的单细胞线上数据库，可以帮助你更准确地进行细胞注释和分析，也可以用作研究前期的数据探索。

单细胞数据库分类

1. Human Cell Landscape (HCL)
2. Human Cell Atlas (HCA )
3. Human Protein Atlas (HPA)
4. SC2disease
5. Cell BLAST
6. CellMarker
7. PanglaoDB
8. CancerSEA

单细胞数据库详情

01

Human Cell Landscape

Human Cell Landscape (HCL, http://bis.zju.edu.cn/HCL/ 或国家基因库镜像地址https://db.cngb.org/HCL/)

HCL是由浙江大学团队打造的人类细胞谱图平台，包含60种人体组织和7种细胞系的细胞，跨越胚胎和成年两个时期，涵盖八大系统的人类细胞图谱。该成果于2020年3月份发表于Nature，作者开发了scHCL单细胞比对系统，可帮助鉴定人类细胞类型。

其中几大功能介绍如下：

02

Human Cell Atlas

Human Cell Atlas (HCA, https://data.humancellatlas.org/).

人类细胞图谱(HCA)目前收录了33个组织，289个供体，共包含450，0000个单细胞测序数据，可呈现人体内不同组织下的细胞类型、数目、位置、以及彼此间的关联等。

03

Human Protein Atlas

Human Protein Atlas (HPA, https://www.proteinatlas.org/humanproteome/celltype)。

这个宝藏数据库小编之前为大家详细介绍过，请戳这里：请查收这份宝藏数据库—HPA。而HPA最近又出了一个新的板块叫做”single cell type atlas”,替换原有的”Cell Type”。该板块包含了来自13个人体组织的单细胞RNA测序数据，共192个细胞类型。可以检索不同细胞类型中基因的数目，以及聚类umap图和表达柱状图，并配有免疫组化切片、空间蛋白表达等结果。

04

SC2disease

SC2disease (http://easybioai.com/sc2disease/)。

SC2disease收录了29种组织、341个细胞类型，涉及到25种疾病。用户可以获取每种疾病状态下各个细胞的基因表达谱、查询感兴趣基因在不同细胞类型中的表达变化、寻找疾病特异或细胞类型特异的marker基因，比较疾病状态和非疾病状态的不同细胞类型的基因表达谱。该数据库的结果均为人工收集，于2020年10月份发表。

05

Cell Blast

Cell BLAST (https://cblast.gao-lab.org/)。

Cell BLAST是2020年7月发表的研究，提供了单细胞的检索和注释平台。该数据库涵盖了27个不同的组织、8个物种、2，989，582个单细胞数据，基于Cell ontology构建一套结构化的细胞类型注释，并采用深度学习的模型，可以对不同数据集的细胞亚群进行注释，克服了批次效应。

06

Cell Marker

CellMarker (http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/)。

Cell Marker数据库通过手工收集的100，000+关于人类和小鼠的文献，可以查询不同组织、细胞类型的marker基因，并提供下载。共包含158个人体组织，涵盖467种细胞类型，13，605个marker基因。共包含81个小鼠的组织，涵盖389种细胞类型，9，148个marker基因。

07

PanglaoDB

PanglaoDB (https://panglaodb.se/index.html)。

PanglaoDB是2019年发表的单细胞转录组数据库，收集了人和小鼠的单细胞数据。包含400万+细胞以及6000多个marker基因，来自不同组织和器官。PanglaoDB可用于细胞分群注释，数据可以在线浏览、分析以及下载。

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CancerSEA

CancerSEA (http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/）。

CancerSEA是在单细胞水平上解析癌细胞的不同功能状态.

1）CancerSEA提供了25种癌症的41,900个癌细胞的14种功能状态。

2）CancerSEA可以查询感兴趣基因与哪种类型的癌症相关

3）CancerSEA可以查询与特定功能状态相关的基因（PCG或LncRNA）。